(一)接受咨询任务，做好咨询计划
接受委托方的决算咨询任务后，要积极主动的听取委托方的相关情况介绍，毕竟这是第一手决算资料。然后做好咨询计划，上报委托单位。决算审计咨询计划要包括审计本工程的项目组成成员及负责人联系方式、拟审核的工作重点、工作计划安排。工作计划安排中各流程的时间安排要合理，也要考虑委托方配合工作的时间。
(二)接收审计资料，做好清单及信息表
建立与项目单位的工作联络关系并且要求项目单位提供评审相关资料，根据拟定的工作计划时间安排，要求项目建设单位补充完善资料，如在拟定时间不能提供完善资料，也要烦请项目单位纸质版回复不能提供的原因及预计在什么时间能提供，这样就可以为审计工作不能在合同期限内完成决算审计工作，而向委托方提出延期或中止申请提供资料。当然在接受资料的时候要做好资料清单，并做好决算审计各相关单位的联系方式信息表。
(三)熟悉审计资料，进行初步审计
将相关图纸、资料发放给各专业工程师，熟悉了解图纸及其他文件资料，提出、记录相关问题，撰写评审意见。根据审计工作重点内容，进行初步审计工作。
(四)现场踏勘，并与相关单位充分沟通
邀请委托单位、初设评审单位、设计单位、结算编制等单位一起对项目建设地进行实地踏勘，踏勘内容一般包括检查工程现场的管理情况、质量情况、进度情况、安全情况等以及现场的相关单位、人员是否与提供的资料相一致，是否存在资料中未反应的情况，是否得到有效的管理，并对发现问题的问题现场进行沟通或核实，同时应进行记录。
在踏勘完成后，在踏勘现场召开踏勘现场会，就熟悉资料期间发现的问题与相关单位进行沟通，并形成会议纪要。在踏勘日第二天将会议纪要发给各踏勘参加单位，并限期要求项目单位回复踏勘会议遗留问题。
(五)全面审核工作内容、对象及重点
各专业工程师应采用全面审查、抽样审计等方法进行全面审计，还可以运用观察、询问和分析性复核等方法，获取充分、相关、可靠的审计证据，以支持审计结论和建议。
(六)形成初步审计文件，听取相关意见
工程审计人员应与审计组的其它审计人员就审计情况进行交流，并对发现问题的相关情况进一步核实。沟通审计初步意见前应与发现问题相关责任人、相关人员及部门负责人进行沟通，征求被审计单位的意见，并认真听取各方的情况说明并如实记录。
(七)修改初步审计文件，上报领导审批
审计初步意见沟通后，应按征求意见情况对于审计初步意见进行修正，汇报领导并形成最终审计意见。
(八)出具决算审计终稿
根据领导的意见及审计要求出具工程审计情况的报告。整理工程审计工作底稿，并上交部门统一形成审计工作档案。