(一)招标过程中的风险
在基建工程的设计和招投标阶段，审计的内容比较多，包括对不同建设工程的设计方案要给予充分的论证和技术优化、对于基建工程预算的工程数量要保证无漏项、基建工程概算要基本准确并要严格符合现行规定、对相关的经济指标要通过定额标准给予合理的并切实可行的分析。而在招投标过程中存在一些不合理或者不合法的因素，如由于操作的规范性不够统一，在招投标的过程中往往会出现主观的随意性，有时可能存在一些资质等级缺乏或不足的施工企业通过不正当的手段承包工程，即使在评标过程中也会出现缺乏合理性和客观性的情况。因此，不严格把关的情况时有发生，并产生相应的审计风险。
在设计和招投标阶段产生审计风险主要来自两个方面：
1、基建工程设计上的缺陷引发了审计风险。在基建工程施工的进程中，勘测的深浅、设计水平的高低、资料的详细程度都能够引发审计风险，从而导致在施工过程中出现错误或者漏项，迫使施工方案进行临时变革。事实上基本是设计的质量越低，工程审计所面临的风险也就越大。
2、基建工程招投标审计的评价标准不统一，法制法规不健全，导致招投标过程中面临审计风险。目前，我国关于如何审计建设项目的招投标没有统一具体的规定，审计人员在审计实践的过程中没有一致的标准或者评价体系，审计工作具有尝试性。采用不相同的审计评价体系，缺乏全面性和定量指标、随意性较大、主观判断过多，难以令人信服。
(二)施工阶段存在的审计风险
在基建工程施工阶段经常面临的审计情况包括进度款的审计没有符合施工合同支付的条款，计价项目的准确性较差，施工进度和工程量核定之间缺乏一致性。另外，施工过程中变更签证由于缺少充分的依据导致水分大、内容虚假、签证的时效性不强以及签证内容重复，从而使审计工作陷入困境，导致实际操作和施工合同之间经常出现冲突，索赔事项时有发生，若不严格进行控制将会给审计工作带来较大的风险。
施工过程中出现的不符合施工的合同规定计价以及面临的签证等风险，其原因主要归结于施工的过程中一些材料的规格不同或者采用新型材料等原因，而相关部门又没有搜集其材料价格。因此，自审计认定过程中就形成了风险。同时，部分供货商和施工单位之间已经建立起了长期的供应关系，对施工单位而言，可以通过较低的价格购买进来，但是，在决算中要按照市场价格进行编制，这对询价的准确性造成了一定的影响，由此便使施工单位自行采购价的真实性和合理性遭到了质疑，尤其是得不到甲方的认同时，就会产生一定的矛盾和冲突。
(三)竣工阶段存在的审计风险
该阶段审计工作面临的问题和风险主要体现在两个方面：一是项目竣工不按照施工合同的规定进行结算。二是由于审计方法、结算方式和计价基础的调整也会出现出错的情况。主要表现在建设单位和施工单位采取大包干、一口价等办法办理结算；其次是有的施工单位编制工程预算不细致、结算不具体、重复计算、多计算费用等高估工程造价，还存在工地代表、工程技术人员以及工程质监部门不能完整地记录隐蔽工程导致无法准确计算工程量，最后使结算不能反映工程的实际价格。
该阶段存在审计风险的主要原因在于基建管理人员的素质普遍偏低，影响了送审工程结算的准确性和真实性。基建管理人员的素质较差，在基建项目监管中不了解基本建设的专业知识，监管便不能发挥应有的作用，容易让施工单位钻空子，蒙混过关。监理工程师的素质不高，使得对施工进度和质量的监管没有得到应有的重视，在工程量的认定上存在一定的风险。