一、工程审计风险的成因分析
对绝大多数工程建设任务而言，由于建设单位没有力量独立完成任务，因此，当实施某项工程建设任务时，必须委托具有相应能力的代理人（承包商）去达成目标。这样，工程跟踪审计过程中存在的非对称信息问题逐渐显现出来，且日益复杂。在审计中，承包商有其私人信息，因而并非他们的所有行为都是可以监督的。整个审计过程充满着成本风险或不确定性，合同的签订和履行面临着复杂的激励问题。由此可见，工程过程中存在着信息不对称问题：建设单位将工程项目发包给企业承建，其承包建设的真实成本往往只有企业知道，而建设单位无法获知，这种委托－代理关系中存在的信息差距，对工程审计结果产生着本质的影响。为了使资源达到最优化配置，在工程审计过程中必须建立一种有效机制，揭示出代理人的私人信息，以降低工程的审计风险。
二、建立审计风险模型
在市场经济环境下，防范腐败与贪污是工程控制过程中的一项重要内容。现实情况中，代理人的收入和利润与合同密切相关，在非对称信息存在的情况下，代理人在报告工程项目成本时，往往会夸大成本，以期获得更大的利润。同时，为了避免审计人员测得其真实成本，行为不轨的代理人还会采取行贿或提供好处俘虏建设单位主管。在这种情况下，执行工程审计，降低工程审计风险，控制工程建设成本就成为一种必须的手段。
三、控制工程审计风险的具体措施
1、搞好审计风险评估
把风险评估作为一个必须的工作环节引入审计计划，按照风险大小确定审计项目的先后顺序，明确审计要点，确定降低审计风险的措施与方法，以便根据重要性和谨慎性原则最大限度地控制审计风险。要明确不是对一切预计会发生审计风险的行为一律回避，要站在宏观的角度，考虑是否通过审计分担风险，能够使项目风险在更大范围内得到控制，从而在更高的利益驱使下，审计风险变成一种可承担风险，在一定意义上讲，承担是对审计风险的一种更有效的控制。
2、定期评价审计质量
经常严格考核和评价审计质量，可以有效督促审计人员提高审计质量，避免审计风险。目前有一种倡导的做法是实行审计人员和程序交叉复审，即由其他审计人员对初审人员的审计过程实施再审计，检查初审人员在执行政策法规和定额标准方面的情况，尽量发现和克服初审中存在的问题。这样既可以督促审计人员在初审时就能引起高度重视，又可以在两次审计中弥补各自的疏漏，如同双保险一般层层化解风险，降低风险，提高审计工作质量。
3、提高审计人员的素质
现在建筑市场材料可以用丰富多彩、日新月异来形容，因此，审计人员对建筑市场行情的全面了解和信息的及时反馈，对做好建设单位跟踪审计工作而言，是一项至关重要的技能，这就要求审计人员走出去把握市场，建立自己畅通的信息网络。审计人员应该提高对建筑市场行情变化及时反馈的技能。摒弃定额计价的指导作用，让项目及材料价格的确定更多地呈现出市场调节的特点。审计工作者要首先懂法，仅懂预算是无法做好工程审计工作的。合同的作用越来越突出，合同签订不严谨就要吃亏交学费。造价索赔的大量增加也将是新制度下的一个特点。作为审计人员，要求具备广博的法律法规知识，用时可以信手拈来，做执行政策的高手，这种要求是现实而紧迫的。
4、落实审计责任制
工程审计任务重、质量要求高。为保证审计质量，必须明确职责，区分责任，落实到人。对被审计单位，要求其认真履行审计承诺制，即被审计单位应对所反映的情况、提供资料的真实性、完整性以及报审资料的时效性实行承诺，以示负责，如果所提供的信息失真、失效，或未报经审计而造成损失的，要追究有关人员责任。对审计部门和人员，要严格审计工作责任制度，实行统一领导下的分工负责制，按照谁审计，谁负责，审计组长负总责的原则，审计人员对所审事项负责，主审人员对主审项目负责，审计组长对审计项目全面负责。要把审计责任贯穿到整个审计工作中去，对反映的情况不够清楚、提供的证据不够充分和问题线索没有查清的，要限期查实；对审计中发现的重大违纪违规问题要一查到底，水落石出，并责成有关部门和单位采取措施，限期整改，抓好落实；对因工作失误造成重大损失的，要追究有关人员责任。