一、合同管理方面
合同是项目当事双方的契约，所有的项目行为都应该在合同框架内做出明确，没有合同容易产生法律纠纷；合同约定不清楚，容易给项目实施和结算带来矛盾隐患。
有的项目做完工程后再签合同；有得项目合同对关键性条款控制不严，例如：合同对工程的范围、内容、标准规定不明确；合同对结算条款规定不细致；合同规定的付款比例与有关规定不符，未预留质保金；合同对违约责任规定不足，缺乏对违约方的制约等等。
二、概算执行方面
概算是项目执行的依据，项目要做什么，按照什么标准做，花多少钱，都在概算中做了规定。项目实施的所有内容后和投资控制都应与概算对应，个别不在概算内的内容，应当向概算审批单位申报批准。
有的项目实施过程不按照概算批复执行，例如：擅自提高建设标准；扩大建设范围；将不属于概算范围内的工程纳入项目建设；项目出现重大设计变更不报批等等。
三、设计管理方面
设计图纸和设计变更是工程实施过程中重要的管理文件，也是项目结算的重要依据，很多施工单位希望通过设计图纸和设计变更增加工程结算。所以设计文件管理的审计是一项重要的工作，在某些项目中甚至成为最关键的审计环节。
有的项目设计深度不够，重要数据提示不清，造成结算时候无据可依；有的项目只有部分设计图纸就开始招标，造成招标后造价失控；有的项目设计变更办理不规范，不按照实际的工程绘制附图，仅标注工程量，造成结算与实际不符；竣工图纸不按实际完成情况绘制，造成结算审核时不知道实际完成情况，减少的工程量没有扣除；设计图纸的编制单位不具备出图资格，出具假的设计变更等等。
四、甲供材料和设备管理方面
甲供材料和设备是工程项目中建设单位采购的工程物资，应按照工程的设计需要进行采购和发放。在有的工程项目中，甲供材料和设备的投资占比很大，如果管理不好，很容易成为某些人弄虚作假或滋生腐败的手段，所以在审计工作中必须重视这一部分。
五、工程管理方面
工程管理是项目实施的执行部分，是所有管理工作中最具体最直接的部分，涉及工程内容是否按照合同完成、签证的记录、工期能否满足合同条件、工程质量是否达到约定标准等等，所有的投资完成最后都要反映在工程的成果中，是工程结算最重要的参考。工程实施的过程也是工程成本形成的过程，其过程的记录对工程的结算具有重要意义。
六、结算管理方面
结算管理可以说是审计工作的核心工作，直接涉及大额工程费用的支出，而结算的成功必须与结算依据对应，同时还要认真核对计算的过程。这里需要具备对整个项目各个环节的系统性思考，也需要扎实的造价专业知识。
结算管理中问题有：图纸工程量计算、定额套取、取费、计税的错误；人材机价差计算错误；签证事项与实际不符；签证的事项已包括在合同范围内，重复计费；设计变更的工程量与实际不符；总价合同范围内的工程实际没有全部完成等等。