一、权利主张在法律上的限制
1、提出权利主张时间上限制
根据最高人民法院2002年6月在《关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》(以下简称《批复》)第四条中指出：建设工程承包人行使优先权的期限为六个月，自建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起计算。也就是说承包人一旦超过了上述六个月的期限就等于主动放弃了此项优先权。值得注意的是，《批复》中特别指出关于六个月的期限的限制规定至《批复》下发六个月后施行。这意味着在2003年1月前竣工的工程项目承包人主张建设工程款优先受偿权没有特定的时间限制，在2003年1月后竣工的工程项目，自竣工日起六个月，承包人未向发包人主张建设工程款优先受偿权，则其不再享有优先受偿权。为确保自身权益，充分行使建设工程款优先受偿权，承包人在今后承接建设工程时，就主张建设工程优先受偿权的期限与发包人作出特别约定，以延长权利主张的期限。
2、受偿权范围上的限制
《批复》第三条指出：建设工程价款包括承包人为建设工程应当支付的工作人员报酬、材料款等实际支出的费用，不包括承包人因发包人违约所造成的损失。也就是说《批复》对建设工程优先受偿权受偿的范围做了严格的限制。除了承包人工作人员报酬、材料款等在工程建设中实际支出的费用，其他的费用不能享受优先权。这里的其他费用包括发包人违约对承包人所造成的损失、违约金等。那么对于发包人违约所造成损失、违约金等基于发包人违约形成的债权，承包人可以通过一般的民事权利主张，以诉讼或非诉讼形式向发包人进行催讨，这种催讨可以和建设工程价款的优先受偿权的主张同期进行，二者并不矛盾，只是前者与后者相比缺少了特定的救济方式和保障。
在实践中很多发包人会向承包人承诺给予承包人提前竣工的奖金。那么提前竣工奖金能不能算在受偿权范围内？笔者认为应当在此范围内。首先，从建设工程款优先受偿权的立法本意来看，立法者给予此项优先权是因为施工方对于建筑物的增值作出了巨大贡献，那么如果施工方提早竣工的话，施工方必定支付更多的对价，对发包人作出了更大的贡献，那么就理应得到更多的保护；其次从《批复》的文字去理解，《批复》中指出的范围是工作人员报酬、材料款等实际支出的费用，可以看出《批复》主要是为了保护那些为建设工程作出实际贡献的工作人员的权利，而在实践中承包人很多是在得到发包人给予的提前竣工奖金后才去奖励工作人员，如果不认为提前竣工奖金是在此范围之内，那么等于变相地剥夺那些工作人员的奖金报酬。显然是不合理的。
二、权利主张在实践中的冲突
1、建设工程款优先受偿权与购房人的消费权益的冲突
《批复》中指出：消费者交付购买商品房的全部或者大部分款项后，承包人就该商品房享有的工程价款优先受偿权不得对抗买受人。
如果消费者已得到了商品房的产权，建设工程价款优先受偿权指向的应当是建设工程，也就是说当建设工程所有权属于发包人所有的话，承包人能对建设工程行使优先权。但如果消费者已经得到了产权，也就是说建设工程已经不属于发包人了，那我们怎么能让消费者用自己的财产去无辜地为发包人的过错去承担法律责任呢？
问题是很多消费者签订的是商品房预售合同，而且在预售合同无效的情况下，又应当如何处理呢？实践中会发现很多违规的商品房预售行为，很多开发商出于经济利益的考虑在所建商品房尚未达到法定预售条件的情况下违规预售期房，根据《中华人民共和国合同法》第五十二条第五款违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效，那么整个买卖期房的预售合同就没有法律效力。自然消费者无论现在还是将来均不享有对商品房的权利，在这种情况下，就不能再适用消费者的期权优先了，建设工程款优先受偿权就应当取得优先。
2、建设工程款优先受偿权与抵押权的冲突
根据《批复》：人民法院在审理房地产纠纷案件和办理执行案件中，应当依照《中华人民共和国合同法》第二百八十六条的规定，认定建设工程的承包人的优先受偿权优于抵押权。也就是说当建设工程款优先受偿权与抵押权发生冲突的时候，应当是建设工程款优先受偿权优先。
3、同一建设工程上数个建设工程款优先受偿权发生冲突
有学者认为，如果是数个建设工程款优先受偿权发生了冲突，应当以时间先后来处理冲突。
有学者提出质疑，只要是在一个建设工程上发生的建设工程款优先受偿权，那么权利取得的原因是一致的，承包方为建设工程增值作出的贡献是一致的，应当预见的法律后果是一致的；权利行使指向的对象是一致的。唯一的不同的，只是因为建设工程这一特殊属性所要求的在不同时期不同的需求而已。没有理由仅仅因为时间这个并非主导，甚至不是重要的因素，而去否定那么多权利本质上的一致性呢？因此，有学都认为只要是在同一建设工程上所产生的数个建设工程款优先受偿权发生了冲突，就应当根据承包人为建设工程所作出贡献大小去按比例行使优先权。