有这样一个河道清淤的总价承包工程，合同中明确除设计发生重大变化或业主另有要求外，承所商应承担5%的变化风险，即当工程价款增减超过5%时，承包商是有权获得自超过部分起算的相应增减款额。施中承包商遇到淤质泥土层较厚，结算工程价款超过合同总价的9%.但承包商自签订合同后，就没有把施工实地情况同合同条件进行过对比分析，直至工程竣工验收提交施工资料时，才偶然在合同中发现该项规定，由此造成了一场本可避免的合同纠纷。
事实上，加强施工合同的管理既有利于承包商取得更多的经济效益，又有利于承包商实现合同的目标，提高自身的社会信誉，从而有利于在工程市场中站稳脚跟，增强竞争力。
一、要重视合同文件的管理
合同文件是合同管理的依据。因此，承包商必须详细了解和非常熟悉合同文件。国际上有FIDIC条款，我国的有关部委也制定了相应的标准合同文件文本，我们水利电力行业制定并颁发了《水利水电土建工程施工合同条件》。
在施工合同中要尽可能地使用标准合同条款的合同文件，其具有明显的优点，一方面能合理平衡合同有关各方之间的权利和义务，另一方面能公平地在合同各方之间分配风险和责任。合同当事人遵守明确规定的义务，就会在很大程度上避免履约不佳、成本增加、以及由于施工合同各方彼此之间缺乏所需的信任而引发的争端。
工程承包是一项充满风险的活动。工程实施过程中，由于自然、社会条件复杂多变，影响因素众多，承包商将面临很多投标时难以或不可能完全确定的风险。风险一旦发生，就会导致成本增加或工期延误。因此承包商需要认真研究合同文件，进行有效的风险分析。除了要了解合同文件中已明确规定所应承担的风险外，还要了解那些隐含在合同文件之中的风险。分清有些风险是由于出现不可抗拒的社会困素或自然因素带来的；有些是由于条款有缺陷引起的；有些是编写合同者有意设置的。承包商进行风险分析的目的，一是能准确地理解合同，区分风险责任，更好地围绕合同目标进行工作；二是通过风险分析，对一些可预测的风险事件作好合理的防范措施，尽可能地避免、转移或减少损失；三是使风险型条款合理化，力争对责权利不平衡条款、单方面约束性条款作修改或限定，防止单独承担风险。
二、要重视合同的变更管理
水利水电建设项目投资大，工期长，质量要求高，建设环境复杂，受意外风险的影响大，变更因素多，因此合同变更可能是最普遍的合同管理工作之一，每一项土建工程，或多或少地不免会出现一些工程变更问题。如设计变更，由于施工现场条件变化而使施工的工作项目超出了合同指标的工程范围，实际工程量同招标文件中工程量清单所列工程的增减等。为了使合同能更好地、顺利地执行，对合同的变更是完全必要的，但合同的变更，实质是上对合同的修改，是合同双方新的要约和承诺，对合同实施影响很大。如合同变更有时会引起现场施工的停滞、打乱施工安排、造成返工等损失。为了减少和避免日后发生争议和扯皮，承包商应及时收集好相关变更资料，以确定变更引起的工期和价格的调整，维护自身的权利或获取应得的利益。
三、要重视合同的索赔管理
当前工程市场竞争激烈，承包商为了中标，竞争压价夺标，中标合同价往往在该工程计划成本以下。在合同实施中，承包商稍有疏忽，都有可能面临严重亏损的局面。因此，承包商不仅要充分利用自己的经营水平科学管理，控制工程开支，严谨施工组织设计，合理发挥技术和设备的优势，通过自身潜力的挖掘来赢得效益，而且也应通过加强合同的索赔管理来维护自己的利益。
在工程施工承包中，索赔是承包商要求补偿损失的正当方式，是维护当事人合法利益的一项根本性措施，通过索赔能使承包商在合同实施中的风险得到合理的再分配，使施工合同中的风险分担程度更趋于合理化。
因此，就承包商而言，寻找施工过程中可能出现的索赔机会，以索赔工作求得增加收入、节约投资，应作为一种经营上的管理活动。如小浪底工程施工过程中，适逢新的劳动法颁布，新劳动法中有如此三条：
①每周工作时间由原来的48小时改为40小时；
②每月延长工作时间不得超过这30小时；
③安排劳动者延长工作时间的支付由原来工资的100%改为150%，休息日由150%改为200%，法定假日由200%改为300%的工资报酬。据此，承包商提出因加班工资的增加要求索赔额外支付的申请，后经业主、工程师、承包商的反复协商，业主同意为经过工程师批准的加班支付额外的报酬。
承包商在加强施工合同管理的同时，还应做好合同资料和相关的工程技术资料的收集、整理和归档工作。这些工作，不仅是工程竣工验收的需要，而且也是承包商执行合同，处理变更和申请索赔时所需的有力依据。