(一)进行跟踪审计
审计人员首先要经常深入施工现场，掌握现场的各种情况，做好工程记录，特别是做好隐蔽工程的记录，要对隐蔽工程的各道工序、各种材料的领用情况详细记录，必要时采用现场拍摄方式记录工程的施工情况，隐蔽工程验收时，审计人员和监理、建设等单位一起参加验收，否则施工单位不得将其掩盖，进行下一工序施工。
采用跟踪审计的方法，不但可以对隐蔽工程的资金实时监控，避免施工单位虚报冒领，而且也能发现隐蔽工程施工中存在的质量隐患，及时采取措施排除。跟踪审计是做好隐蔽工程审计的根本方法。
(二)重点材料用量对比法
做好关键工程主要材料成本用量与结算用量的对比审计。由于客观条件限制，审计人员无法进行跟踪审计时，就要通过选取重点部位工程对施工单位资金成本、材料用量与工程结算对比，来发现施工单位是否存在偷工减料、虚报冒领的现象。如在某铁路工程审计中，发现该工程采用粉喷桩提高地基承载力，工程量大，是隐蔽工程，施工单位容易偷工减料，对铁路工程的质量有很大影响。粉喷桩的主要材料是水泥，并且设计上对水泥的用量有明确要求，因此选取粉喷桩的水泥用量作为审计重点。
首先，统计水泥设计用量。通过查阅施工图纸，统计粉喷桩的图纸量，再查阅变更资料，统计粉喷桩变更量，二者之和为粉喷桩总施工量。与施工单位的工程结算量对比，查看是否一致，有无多结算的现象。如果二者一致，可以计算水泥设计用量，依据每米粉喷桩需要水泥用量的设计要求，乘以该施工单位粉喷桩结算量计算出工程所需的水泥量。
然后，统计施工单位水泥实际使用量。通过查阅施工单位的财务资料、物资采购资料以及水泥入库出库领用管理和监理日志了解水泥的采购支出情况，如果全部由施工单位购买，不存在下级分包商自购的情况，该标段粉喷桩水泥的出库数量就是水泥的全部使用量。如果有分包商自购水泥的情况，还要延伸审计分包商自购水泥的数量，与施工单位自购数量之和为该工程粉喷桩所用水泥实际使用量。
其次，进一步核实水泥购买的真实性。通过延伸审计施工单位水泥供应商和运输单位，进一步核实确定施工单位购买水泥的真实性。最后，对比设计用量和实际使用量，确定施工单位是否偷工减料，若设计用量大于实际用量很多，说明施工单位存在偷工减料的行为，并且在工程结算时虚报多结算了建设资金。
(三)现场抽查检验
对有些工程，在对外观、结构影响很小和修复也很容易的情况下，可以采取现场抽查查验的方法。采用这种方法简单直观，也最有说服力。但采用这种方法，审计人员应已经通过查阅相关工程资料，基本确定偷工减料的工程部位，再进行现场查验，避免查验后没有发现质量问题，发生的检查费用及修复费用均由查验方承担，并影响正常施工秩序，导致施工方提起索赔。