(一)建设项目开工前阶段，审计的主要内容应包括：
1、审计建设项目的审批文件
包括项目建议书、可行性研究报告、环境影响评估报告、概算批复、建设用地批准、建设规划及施工许可、环保及消防批准、项目设计及设计图审核等文件是否齐全。
2、施工准备阶段是项目建设的前期工作之一
主要把握好项目法人质量控制、监理工作、施工单位选择。项目法人质量控制是否通过资质审查，是否按法定的招投标程序选择了勘测、设计、施工、监理单位并实行合同管理，各种合同是否规范、合法有效，是否建立了质量管理制度，是否组织了设计与施工单位的设计交底；监理单位是否有相应资格等级证书，所派监理人员是否有岗位证书；审计设计单位是否有承担相应资质勘测设计能力，是否将经过会审后的资料做过技术交底，设计质量是否满足工程质量、安全需要的规范要求审计施工单位是否有承揽相应施工任务的资质，施工单位是否制定了完善的质量责任制考核办法等。
3、审计建设项目的资金来源是否落实到位
是否合理、是否专户存储，建设资金能否满足项目建设当年应完成工作量的需要；各种规费是否按规定及时缴纳；减、缓、免手续是否完备，是否符合有关规定；征地或拆迁补偿费是否符合有关规定，有关评估、计价是否合规、合理，有无擅自扩大拆迁范围、提高标准或者降低标准等问题。
(二)建设项目施工阶段是一个非常关键的时期，关系到工程质量好坏、审计质量高低的问题，审计内容应包括：
1、审计合同履行情况。
审计与建设项目有关的单位是否认真履行合同条款，有无违法分包、转包工程。如有变更、增补、转让或终止情况，应检查其真实性、合法性。
2、审计内控制度建立、执行情况。
审计建设单位是否建立健全并执行了各项内控制度。如工程签证、验收制度；设备材料采购、价格控制、验收、领用、清点制度；费用支出报销制度等。应督促、指导建立完善的管理制度，保证项目建设规范运行、建设资金合法使用。
3、审计工程设计变更、施工现场签证手续是否合理、合规、及时、完整、真实；工程预算款及结算是否按合同办理。
4、审计工程成本核算及账务处理是否符合《国有建设单位会计制度》的要求，是否有利于建设项目的管理及竣工决算的需要；建设资金到位情况是否与资金筹集计划或投资进度相衔接，有无大量资金闲置、或因资金不到位而造成停工待料等损失浪费现象。
5、检查建设资金是否专款专用；是否按照工程进度付款；有无挤占、挪用建设项目资金等问题；对往来资金数额较大且长时间不结转的预付工程款、预付备料款要查明原因，防止出现超付工程款现象；审计建设单位管理费的计取范围和标准是否符合有关规定，费用支出是否符合必须、节约的原则，有无超出概算控制金额的情况。
6、加强设备、材料价格控制，尤其要对建设单位关联企业所供设备、材料的价格进行检查，防止从中加价。对已购设备、材料因故不能使用的，要分析原因，分清责任，并督促建设单位及时处理，避免造成更大的损失。属政府采购的设备、材料是否按相应规定办理。