工程量方面
工程量一般指的是由于变更签证引起的工程量增加。理论上应该是先由承包方做书面变更签证申请，经建设单位审批后再施工。土建工程的工程量争议主要是合同生效后增加的工程量及对隐蔽工程的工程量清单未做三方确认，仅凭承包方施工日记进行结算，发包方提出异议。安装工程的工程量争议，主要表现在隐蔽在墙体中的管线铺设记录与确认问题。
竣工决算时间的争议
建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，经发包方审核达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程竣工。竣工在实际执行过程中的情况比建设工程承包合同的竣工要复杂得多。承包方往往为了承揽业务，对发包方在合同中设下的竣工概念陷阱不加防范。一旦中招，即便合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整个工程没有竣工为理由，而拒收承包方的决算报告。发包方就以决算不成熟为由拒付工程款。
违约的争议
无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。
建筑材料品质的争议
建设工程招投标时对工程主要建筑材料品质有所要求或承诺，但由于建筑材料市场供求关系的影响，有时使得承包方转而采用合同外的其他建材，因此，引起结算纠纷是很常见。
总包与分包的争议
激烈的市场经济条件下，社会分工越来越细，一个大型建设工程很难由单一的总承包商完成，而且有些劳务作业需要大量的人力，也无法由总承包公司独立完成。因此，总承包单位承揽建设项目后经建设单位同意，一般都会将其中的专业工程和劳务作业分包相应的分包单位。如果发包方就全额工程款结算完毕，则发生结算争议的可能性较小，如果发包方只进行部分结算，则很容易酿成总承包单位与分包单位的争议。而且总承包单位与分包单位之间除工程款结算外，还存在着管理费之争。如果建设单位参与指定或者暗示分包单位，则引起的工程款结算纠纷会更复杂。这类纠纷在建设工程领域比较普遍。
发票的争议
建设工程款绝大部分都是分期付款，建设工程的成本核算需要工程竣工后才能进行。因此，少数私有企业发包方在分期付款时可能会忽视立即索取工程款发票。而某些承包方，特别是挂靠性质的临时施工队，为偷逃税收有时以未收到全额工程款为由，拒绝开具税收发票。当全额发票应付的税款超过剩余工程款时，这种纠纷发生的可能性更大。
尾款的争议
建设工程竣工移交后，承包人按照合同要求应在一年内进行保修。为了保证承包方履行保修义务，发包方一般在合同中约定工程款支付95%工程款后，余下5%工程款留待一年保修期满后再行支付。有的合同采取工程款先付，由承包方另行出具5%工程款的银行保函加以保证。5%尾款争议的原因在于承包人是否能在保修期内适当履行保修义务。
合同的争议
这方面的争议在建设工程领域有一定的代表性。实力雄厚的建设工程发包方利用其在签约中所处的优势地位，就同建设工程除与承包人公开签订建设工程施工合同外，又强迫承包人签订另一份包括工程价款、工期等方面内容与合同不一致且有利于发包方的建设工程施工合同，即所谓阴合同。进入结算阶段时，两份相矛盾的合同究竟谁是结算标准成为争议焦点。根据合同法原理，应该认定后一份合同为标准(因为时间在后)，按照招投标法，应该认定前一份合同为标准(因为该合同是公平竞争的招投标结果)。