1、质量不合格、未完成工程的工程价款结算问题
由于建设方或施工方的原因，工程半途不能完工，也无法进行竣工验收，此时应当如何计算工程价款？在该类纠纷中，承包人起诉要求支付工程价款时，发包人往往以质量不合格或者不符合合同约定为由进行抗辩或者反诉，要求拒付或者少付工程款，甚至提出比剩余工程款更多的巨额索赔。
情形主要有以下三种，一是建设工程经竣工验收全部不合格；二是部分合格，部分不合格，经整改后可以通过竣工验收；三是工程经竣工验收符合国家有关工程的质量标准，但不符合双方合同约定的质量标准。
2、工程变更后的工程价款结算问题
工程变更，是指因设计文件或技术规范改变以及业主需求的变动，导致合同内容、范围等在施工中发生变更的情况。实践中，一般是建设工程工程量或者质量标准发生变化。如果工程发生变更，双方对于变更为口头约定或者变更后的结算方式约定不明的，双方在案件审理过程中多会产生争议。
3、因工程价款计价标准或结算方式约定不明产生的结算纠纷
价款结算是工程合同的核心内容之一，一份合同对此完全未作约定实难想象，但是虽然有价款结算条款但约定不明的情形却并非罕见。例如，约定了总造价，却又约定竣工后据实结算，那么究竟是固定总价合同还是固定单价合同？据实结算的计价标准是什么？是根据定额标准、工程量清单还是市场标准？等于没有约定
4、因工程量或者质量标准变化产生的结算纠纷
工程造价包括建筑、安装、设备和建筑税费的总和。造价计算的准确性取决于设计深度，并与价格变动风险成反比。投资估算是项目前期的粗略估计，是可行性研究的依据。设计概算在项目初步设计阶段根据概算定额编制，作为初步确定工程造价的依据。
施工图预算在施工图设计阶段根据施工图反映的工程量和质量标准，按预算定额编制，作为工程预算造价的依据，往往也是招投标和施工合同的依据。此后工程量和质量标准原则上不再改变，但是施工过程中仍有可能因设计变更导致工程量或质量标准发生变化。安装工程的工程量争议，主要表现在隐蔽在墙体中的管线铺设记录与确认问题。
5、已送审价为准的结算纠纷
《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用若干问题的解释》(以下简称建设工程施工合同解释)第20条规定：当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。实务中将此规则称为以送审价为准。
适用以送审价为准规则须满足两项条件：一是承包人提交了完整无缺的竣工结算文件，否则发包人有权拒收；二是发包人在约定期限(若无约定期限，则在合理期限)内不予答复，未置可否。
发包人只要在约定期限或者合理期限内提出过明确异议，不管其当时是否举出充分和准确的反驳证据，都不能以承包人单方提交的送审价为准进行结算。法院在案件审理中，发包方一般会对于承包方要求已送审价为准进行结算提出抗辩，比如程序不合法、竣工结算文件不完整、未收到相应的文件等。
6、竣工决算时间的争议引发纠纷
建设工程承包合同签署之前，承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，经发包方审核达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程竣工。
竣工在实际执行过程中的情况比建设工程承包合同的竣工要复杂得多。承包方往往为了承揽业务，对发包方在合同中设下的竣工概念陷阱不加防范。一旦中招，即便合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整体工程没有竣工为理由，而拒收承包方的决算报告，继而，发包方以决算不成熟为由拒付工程款。
7、违约的争议
无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件、中期擅改设计、未按进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。