加强建设项目前期准备工作审计。在此阶段中应加强对项目投资估算、设计概算、施工图预算等方面的审计。在投资估算方面，应对建设项目的投资估算相关资料、数据、指标等依据进行审核，判断其是否合理及符合相关要求，对投资估算方法、计算方法进行审核。而在设计概算方面应审查设计概算的审批手续是否齐全、及时，概算的编制依据有无相关授权机关的批准，有无提高概算定额、指标或费用标准等现象出现，概算编制的方法、计价依据和程序符不符合相关规定。在审查施工图方面，须检查单项工程预算编制的真实性、准确性，各预算项目的设计是否与图纸相符。
加强建设项目招投标审计。在招投标过程中，审计部门的工作是负责对开标评标全程进行监督，发挥审计工作的独立性。在招投标准备阶段，对招标单位的招标方式、招标文件、招标程序和对投标单位的资格进行重点审查；在招投标实施阶段，对评标委员会组建、开标、评标、定标过程的程序和方法进行重点审查，主要看是否符合相关的法律法规；在签订工程项目合同时，对合同价款的一致性、工程进度款的支付时间、条款、方式等进行重点审查。
加强建设项目施工阶段审计。为了将施工过程中的审计工作做好，审计人员必须深入施工现场，了解工程项目的实际情况，对项目建设的各个环节及时进行跟踪，积累收集与建设项目相关的工程技术文件、与结算有关的各种资料，掌握第一手信息。要定期审核工程变更的签证，及时掌握工程总造价动态变化情况；定期抽查隐蔽工程施工情况，保证资料完整、内容合法合理和真实。对工程进度款的支付进行审查，查看结算金额是否正确。加强对合同条款执行的审计，重点对合同是否按规定的条款执行进行审查。
加强竣工结算阶段的管理审计。工程竣工结算审计是最后一个环节，为工程竣工决算提供支持。审计人员应重点审查竣工结算编制依据是否合规、编制资料是否齐全、具不具备完整性及合法性；审查工程量的计算是否正确；审查税金、利润、费用的计算是否符合规定，对于存在的误差是否合理。规范竣工决算审计，重点审计建设项目资金来源、使用、结余情况，是否存在资金闲置；对建设资金是否专款专用进行检查，重点查看有无挪用挤占建设项目资金的问题。