在合同中，应当明确约定乙方的开票义务以及发票质量要求、开具与送达时间、发票遗失、发票记载项目变更等情形及其处置措施，通过做好前期风险防范，规避履约过程中可能发生的相关争议，切实做到防范风险于未然。
（一）发票质量条款
对于乙方所开具发票的形式和实质要求，应当包含：具体金额、盖具增值税发票专用公章、开具时间、汇总开票具体规定等内容，确保发票无瑕疵。
（二）发票开具及送达条款
增值税专用发票需要在开票之日起360日内到税务机关办理认证，逾期认证的会导致无法实现抵扣，应当明确约定开票及送达条款。
具体约定形式：
1、乙方先开具并送达发票、且在甲方完成发票认证后，甲方才支付对应款项；
2、为避免乙方以甲方收取并认证发票为由，主张其已完成对应的合同义务，应当约定甲方收取发票并抵扣的行为，不视为甲方对乙方履约行为的确认。
（三）发票遗失的处理条款
具体约定形式：
1、因甲方原因发票遗失的，乙方应提供发票记账联复印件及乙方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》。
2、因乙方原因发票遗失的，乙方应当负责提供相关凭证或重新开具发票确保甲方能够抵扣相应进项税额。
（四）发票记载项目变更条款
实践中，存在发票开具后，实际发生业务与发票记载项目不一致的情形。应当在合同中对该种情形的处置做出约定，避免被认定为虚开发票的风险。具体约定形式为乙方开具发票后,涉及的服务类别、服务价款等增值税专用发票记载项目发生变化的，甲方应当书面通知乙方该事项：
1、甲方未认证或抵扣发票的，乙方应在收到通知后作废原发票，并于收到通知之日起10日内向甲方重新开具并提供发票；
2、甲方已经认证或抵扣发票，原发票无法作废的：
若应开票金额增加的，乙方应于收到通知之日起10日内向甲方补开并提供增加部分金额的发票；若应开票金额减少的，乙方应于收到通知之日起10日内向甲方就减少部分的金额开具红字发票；
3、发票其他记载项目发生变更，导致发票作废或存在其他任何瑕疵的，乙方应在法律法规及相关政策规定的时间内重新开具发票、补开发票或提供其他合法书面材料，保证甲方实现对应款项进项税额的合法抵扣，否则由乙方承担因此而造成的损失。