1.当前建筑工程施工合同管理中存在的主要问题
1.1建设施工合同履约程度低，违约现象严重
现在我国施工合同履约率较低，据工商部门不完全统计:平均合同履约率只有50%左右，合同的信用度、合同的严肃性、合同的权威性受到挑战，严重影响了我国市场经济秩序。同时也影响到我国建筑市场秩序，以致造成建设市场出现严重拖欠工程款的顽症，进而引发拖欠农民工工资等一系列社会经济问题。此外,由于建筑市场运行尚不规范，部分承包商不按期依法组织施工，相互扯皮，形成拖延期工程，也严重影响了建筑市场环境。
1.2部分施工合同文件对履约双方约定的权利、义务显失公平根据《合同法》的相关规定
签订合同的当事人，其经济法律地位是平等的，双方权利义务应是对等的。但从目前实施的建设施工合同文本看，施工合同中绝大多数条款是针对承包人的，其中较多地强调了承包的义务和责任;相对而言，对发包人的制约条款偏少，特别是对发包人违约、赔偿等方面的约定不具体，也缺少行之有效的处罚办法的规定。这不利于施工合同的公平、公正履行，成为施工合同执行过程中发生争议较多的一个原因。
1.3施工企业合同意识淡薄，合同签订不规范，缺乏专业的合同管理人才
主要表现在:(1)不严格按法律规定规范合同。不少承包人、发包人，由于法律意识淡薄，不是按照《建设工程施工合同示范文本》以及工程项目和自身的具体情况，逐条分析，认真订立。
(2)不严格按合同办事。出现问题不能依照合同办理，而是习惯于找领导协调。即使是正当的索赔也不能理直气壮的提出。
(3)不设立合同管理部门和缺乏专业合同管理人才。大多数项目管理机构都未设立合同管理部门，缺乏可行的有效的合同管理制度和具体的操作流程，不能对工程进行及时的跟踪和有效的动态合同管理。合同管理是高智力型的、涉及全局的，又是专业性、技术性强、极为复杂的管理工作，对合同管理人员的素质要求很高。
1.4合同索赔工作难以实现由于社会条件、自然环境的变化
建筑业是一个索赔多发的行业。索赔是合同和法律赋予受损失者的权利，也是合同缺陷的补充，其实质是承发包双方承担工程风险比例的再分配。对于承包人来讲工程索赔是一种保护自己正当权益、弥补工程损失的有效手段。而由于建筑市场的过度竞争，不平等合同条件等问题，给索赔工作造成了许多干扰因素，再加上承包人自我保护意识差、索赔意识淡薄，导致合同索赔难以进行，受损害者往往是承包人。
2.加强施工合同管理的对策
2.1做好建筑工程合同的谈判与签约工作
(1)签订建设工程施工合同，应充分注意并处理好下列问题:
仔细阅读使用的合同文本，掌握有关建设工程施工合同的法律、法规规定。合同条款用词要准确，发包人和承包人的义务、责任、权利要写清楚，切不要因准备不足或疏忽而使合同条款留下漏洞，给合同履行带来困难，使施工单位合法权益蒙受损失。
(2)关于工期、质量、造价的约定，是施工合同最重要的内容。工期、质量、造价是建设工程施工永恒的主题，有关这三个方面的合同条款是施工合同最重要的内容。实践中关于工期的争议多因开工、竣工日期未明确界定而产生。合同中应明确约定参加验收的单位、人员，采用的质量标准，验收程序，须签署的文件及产生质量争议的处理办法等。
(3)对工程进度拨款和竣工结算程序做出详细规定。一般情况下，工程进度款按月付款或按工程进度拨付，但如何申请拨款，需报何种文件，如何审核确认拨款数额以及双方对进度款额认识不一致时如何处理，往往缺少详细的合同规定，引起争议，影响工程施工。一般合同中对竣工结算程序的规定也较粗，不利操作。因此，合同中应特别注重工程进度付款和结算的程序约定。
2.2在工程施工合同的履行中规范管
理建筑工程施工合同签订后，合同双方就形成一定的经济关系和法律上的效力。合同规定双方在合同实施过程中的经济责任、利益、权力和义务，双方必须严格遵守，严格履行，不应违反。但从根本上来说，合同双方的利益是不一致的，容易导致工程建设过程中的利益冲突，造成在工程施工和管理中双方行为的不一致、不协调和矛盾。事实上，在工程施工合同的实施中，违反合同的现象是屡见不鲜，部分当事人故意违反以谋取某些不法利益，但更多情况下属于当事人法制观念不强，没有把违反合同提到违法的高度来认识。
2.3加强承包人素质的培养
应加强合同法律意识和合同管理意识，设立专门的合同管理机构，重视培养专业的合同管理人才，建立严格的施工合同管理工作制度，逐步建立以合同管理为核心的组织机构通过以上措施的实施，在签订施工合同过程中，承包人要对合同合法性、严密性进行认真审查，减少签订合同时产生纠纷的因素，把合同纠纷控制在最低范围内，使合同管理贯穿于合同签订的前后和施工管理的全过程中，以保证合同的全面履行。
2.4加强施工合同风险管理
承包人应积极开展施工合同风险管理，推行工程担保制度，加强施工合同索赔管理工作在激烈竞争的建筑市场上做好风险预测、控制与转移工作，可使风险发生的概率和导致的损失降到最低程度。合同中引入工程担保制度，可适当转移合同当事人的风险。施工合同是索赔的依据，索赔则是合同管理的延续，是解决承发包双方合同纠纷的特殊方法，也是制约合同双方认真履约的强有力的约束手段。合同管理索赔要求承包商人:在签订合同时要充分考虑各种不利因素，为合同履行时制造索赔机会;明确合同规定的权利和义务，预测合同风险，分析合同变更和索赔的可能性，采取最有效的合同管理策略和索赔策略;在合同整个履行过程中，要随时结合施工现场实际情况，结合法律法规进行分析研究，以合理履行合同，保护好自己的合法权益。