1.程序性审核。所谓程序性审核就是从签证程序的合法、合规性角度来检验签证的真实性。主要抓住两个环节：
（1）检验签证的真实性。一般签证书面材料中有业主驻工地代表、承包商、监理工程师的签字盖章。审计发现许多签证在签字过程中模仿笔迹、变相复印、其他人代笔等多种形式。如审计中发现一个工程的签证，业主和承包商提供的签证复印件不一致，经过反复核实，发现部分签证与工程实际情况不符，经向业主驻工地代表进行调查了解，承包商提供的签证上的签名系别人模仿他的笔迹签署的。所以，对签证审核时，首先要认定签名盖章、复印件的真实性。
（2）检查签证的合法性。如签证有无双方单位盖章，印章是否伪造，复印件与原件是否一致等是审核的重要内容。签证是业主与承包商之间在工程实施过程中对已订合同的一种弥补或动态调整，相当于是一份补充合同，作为审核对象资料具有同等法律效力，因而在形式上应该是双方法人签章齐全真实。审核时复印件与原件核对，签证的印章与投标书中印章相比对，保证签证形式合法、内容翔实合理。
2.实质性审核。由于业主驻工地代表甚至法人代表在工程专业知识方面存在局限性，所以，对于程序合法合规的签证，仍要针对各种不同的情况，采取以下四种方法进行甄别：
（1）工程量审核法。对于工程量的签证，审核时必须到现场逐项丈量、计算，逐笔核实。特别是对装饰工程和附属工程的隐蔽部分应作为审核的重点。因为这两部分往往没有图纸或者图纸不很规范，而现场勘察又比较困难。对此，审核人员应在征得业主和承包商双方同意的情况下，进行破坏性检查，以核准工程量。如审核某道路工程量时，发现图纸和签证均表示二灰碎石厚度16CM，但审核人员在现场勘察时发现路边有一处厚度远远不足，便组织双方人员到现场，运用专门的仪器随机取点，核准厚度仅为11.5CM，从而降低该道路工程峻工结算价二十多万元。破坏性检查只是事后审计的一种方法，而更有效的审核办法是事中跟踪审计。在隐蔽工程被覆盖之前，深入施工现场，获得第一手资料，为竣工结算审计打下基础。如某影剧院屋面翻建工程，审计人员施工中曾三次去施工现场，特别是大面积的吊顶，由于在面层覆盖前，到现场取得轻钢龙骨的规格、间距的大小等有关原始数据资料，所以在结算审计时，这份原本很麻烦的签证就变得异常简单。
（2）材料价格确认法。相对于其他签证来说，材料价格签证的确认是比较难的。客观上，各地区价格信息对普及性材料有明确指导价，而对装饰材料的价格没有明价指导，由于其品种、质量、产地的不同，导致了价格的千差万别，业主也不能清晰、具体地提供材料的详细资料。比如花岗岩，它的品种繁多，有的价格每平方米一百元左右，有的高级进口材料却达到每平方米上千元，仅凭现场目测，不易分清楚它们价格的高低，审计人员要想准确地确定这些材料的价格几乎是不可能的。主观上，承包商甚至是业主都认为：材料的价格，只要他们双方同意并签证，审计人员应毫无疑义地采纳。为了保证审计结果的公正性和准确性，笔者认为，审计人员要直面主客观因素，从理论上说服双方人员，统一思想认识；审计操作上组织双方人员，走向市场，寻求最接近实际情况的价格，以有力的事实证据取得双方的一致认可。
（3）补充项目认定法。审计人员如何对补充项目以单方造价或总价方式的签证进行审计，一般可以先运用工程量和材料价格签证的确认方法对工程量和材料价格予以确认，再按照国家定额标准和有关文件进行测算，签证的单方造价和总价低于测算结果，则对该结果予以确认，签证的单方造价和总价高于测算结果，按测算结果确认。
（4）非量非价界定法。这种签证既无明确的工程量，也无明确的价值量，它仅仅从技术的角度陈述某一项目的实际施工情况。审计人员审核这样一种签证要采取寻求一个切入点的方法进行：首先考虑这一项目是否需要作为增加项目？是不是重复计划？界定的方法：分析和证实业主驻工地代表对于某一项内容是否知道施工过程中确实发生了，如发生了是否知道这项内容在原预算的某一个综合定额子目中有没有包含，分析证实后说明清楚，然后加以界定，准确计算。
在审计实践中，我们发现许多工程签证和签证单不规范，其主要表现如下：
一、工程签证不规范
（一）签证不及时。遇到问题不及时办理签证，到竣工决算时再补签证。
（二）签证工程量不完整。签证中往往只计增加工程量部分，而对那些因变更而减少的分部分项工程故意漏签，虚增工程量。
（三）签证要素不齐全。现场签证一般需要业主、监理、施工单位三方共同签字，但审计中发现，现场签证存在缺少一方甚至两方的签字，有的签证内容相互矛盾，偏离事实。
（四）现场签证不真实。特别对一些隐蔽工程，施工单位往利用其隐蔽性高及求证难的特点，高估冒算，弄虚作假，从而抬高工程造价。
（五）盲目签证，重复签证。施工单位利用建设单位的现场管理人员对工程方面的有关规定不了解，对投标包干的项目或者不应该签证的项目进行大量的签证，有的签证由施工单位填写，建设单位不认真核实就签字。
二、签证单不规范，有的签证单只是建设单位一些人员在一张纸上签上一些文字和数字及名字。
隐蔽签证直接影响工程造价，为了提高建设、监理和施工单位等相关人员的责任意识，确保工程建设项目的隐蔽签证和工程造价的真实性，实事求是做好隐蔽签证，应建立健全隐蔽签证制度和相关问责机制。现借鉴发票管理模式,结合工程建设实际情况，提出工程签证管理中几项必备的内容:
首先、工程签证管理模式中要有建设、监理和施工单位的权力和应尽的义务以及没有履行义务应承担相应的责任等内容。
其次、签证单中要素要明确。如：建设项目名称，连续号码，基本联数[建设单位联、监理单位联、施工单位联、审计（审核）联]，填单时间，签证项目内容、数量、简明图形，建设单位、监理单位、施工单位的现场人员签字等等。
第三、规定哪些签证属于无效签证。
（一）签证要素要齐全。规定工程签证要素不全的，应为无效签证。
（二）签证要及时。规定工程签证的时效，超过有效时间的签证应为无效签证。
（三）签证要有顺序。规定工程签证必须按工程建设进程顺序进行签证，否则应为无效签证。
（四）签证内容相矛盾的应为无效签证。
（五）重复签证和盲目签证的应为无效签证。