一、变更与索赔问题
实践中，建设方不喜欢索赔二字，施工方一般也不提什么索赔。久之，施工方要么缺乏索赔意识，要么将索赔置换成为工程变更。
但是，变更与索赔是两回事。变更(设计变更和其他变更)导致的是合同价款的调整，即，变更始终是在合同价款之内，它可能导致原合同价款增高，也可能导致其降低。而索赔则不完全是这样。《建设工程施工合同》对索赔的定义是：指在合同履行过程中，对于并非自己的过错，而是应由对方承担责任的情况造成的实际损失，向对方提出经济补偿和(或)工期顺延的要求。按该定义，再结合《建设工程施工合同》第31.4款看，索赔(费用索赔)是指在合同价款之外提出的经济补偿要求。
《建设工程施工合同》第31.2款规定：承包人在双方确定变更后14天内不向工程师提出变更工程价款的报告时，视为该项变更不涉及合同价款的变更。实践中，很少有施工方严格地履行该款，到最后发生结算争议时，该款可能对施工方的结算要求形成致命影响。
实践中，施工方虽可能未严格履行第31.2款，但在其进度报表中，肯定是罗列了变更工程价款的了。但是，这种罗列是否就是31.2款的报告，肯定会有所非议。另外，总会有一些变更会落在进度报表提交之日的14天以前，这些变更按31.2款的规定，会被视为不涉及合同价款的变更。
当变更工程的量较大时，施工方与建设方一般会对变更达成补充协议，如果补充协议没有确定变更具体的价款，则争议仍将存在，即，该补充协议可能只是约定了确定变更工程价款的方法，改变是《建设工程施工合同》第31.1款，而非第31.2款。
以上所论，是施工方在合同管理中必须注意的。施工方(尤其是小型施工队伍)应改变那种我做了，就该拿钱的简单意识，加强合同管理的意识，严格地按合同规定的程序提起变更和索赔。施工方如果认为这些严格的程序不太切合施工实际，则应在签约时在专用条款中加以改变。
二、合同价格对结算的影响
FIDIC《土木工程施工合同条件》严格适用于单价合同(工程量单价)，《建设工程施工合同》按23条的规定，可适用于：固定价格合同，可调价格合同，成本加酬金合同。其实，无论是固定价格合同，可调价格合同，还是成本加酬金合同，都是可以以工程量单价为基础的。固定价格合同即可固定单价；可调价格合同从《建设工程施工合同》第23.3款看，即建设方承担的风险多一些，因而单价可调整的因素多一些；成本加酬金合同也面临调整的问题，因而也涉及工程量单价。建设部2003年推出的《建设工程工程量清单计价规范》(GB50500-2003)也是可与这三种合同调和的。
在实践中，将固定价格合同理解为固定总价合同的不鲜见。再加上《建设工程施工合同》将合同价款定义为：指发包人承包人在协议书中约定，发包人用以支付承包人按照合同约定完成承包范围内全部工程并承担质量保修责任的款项。最基本的意思就是协议书中约定的合同价款。因此，当工程量增加较大，追加合同款较多时，建设方会很难接受一个固定总价合同被如此剧烈突破的事实，于是，工程后期的中间结算和最终结算就不太容易顺利进行。
另外，对于中间结算，因实践中建设方不按约支付工程款是经常的事，施工方还应注意利息的问题。如果双方未对利息做约定，当纠纷发生时利息往往按最高人民法院的规定解决。因此，施工方宜于签订合同时在专用条款中对利息问题作出约定。
三、最终结算与优先受偿权
实践中，如果建设方认为结算价格太高，那么，即便法院的判决已经确定了最终价格，也会存在着执行难的问题。因此，施工方宜将优先受偿权与结算问题一并考虑。
施工方行使优先受偿权有两种方式：按《合同法》第二百八十六条的规定提起，按《建设工程施工合同》第33.4款约定提起。但这里应注意两点。
1.按《最高人民法院关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》的规定，按《合同法》第二百八十六条提起的优先受偿权的期限为六个月，自建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起计算。六个月的时间太短，很容易被建设方以各种措施(比如延长竣工验收时间)消化掉。
2.按《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释(征求意见稿)》第二十七条的规定：承包方作出放弃依合同法第二百八十六条规定享有的优先权的承诺有效，因此，施工方来自《建设工程施工合同》第33.4款的优先受偿权很可能被解释为对其来自《合同法》第二百八十六条的优先受偿权的放弃。
有鉴于此，施工方有必要认真履行《建设工程施工合同》关于竣工结算的规定。但是，实践中经常存在施工方未能按《建设工程施工合同》第33.1款规定的在工程竣工验收报告经发包人认可后28天内提交竣工结算报告的情形。在此情况下，施工方来自《建设工程施工合同》第33.4款的优先受偿权将受到影响，因为建设方可以主张施工方本该享有的优先受偿权已超过了总的期限(28天+56天)。
应当说明的是，结算文件是否具有法律效力，即能否作为工程决算的依据，应来自当事人的确认。对此，建设部《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第十六条第四款有明文规定：工程竣工结算文件经发包方与承包方确认即应当作为工程决算的依据。而施工方来自《建设工程施工合同》第33.4款的优先受偿权亦应以具备法律效力的结算文件为前提，否则，施工方不能直接向法院申请行使优先受偿权，而只能提起起诉或仲裁。
如依双方当事人在合同中约定的确认规则，施工方还须注意，按《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第十六条第一款第(三)、(四)项的规定，建设方如对结算文件有异议，可与施工方在约定期限内或28天内协商，协商不成，则应委托工程造价咨询单位在28天内完成造价鉴定。该时间是很容易突破《建设工程施工合同》第33.4款规定的56天的优先受偿权的期限的，因此，施工方如拟同意协商，则应当注意同时协商将优先受偿权的期限顺延。
以上所述结算中易引起的纠纷，实是施工方签订施工合同时应注意、在合同管理中应该竭力避免的。惟有如此，施工方才可避免自己应得利益的损失。