(1)建设工程项目的完成是一个渐进的过程。在这个过程中，完成工程项目持续的时间要比完成其他合同时间长，特别是建设工程承包合同的有效期最长，一般的建设项目要一两年的时间，有的工程长达好几年甚至更长。以施工合同为例，施工合同不仅包括施工期限、施工范围界限、结算依据条款、法律条文、双方风险承受范围、保修期限与内容。当然如果加上招标投标期，合同谈判与签订期，施工合同的生命期会更长。由此决定建设工程合同的管理是个较长的过程，合同贯穿于整个工程的大部分期限。
(2)由于工程价值量大、合同价格高，因此合同管理对经济效益影响较大。对于承包人来说，合同管理得好，不但可以避免承包人亏本，还可以使承包人赢得利润。反之，则会使承包人蒙受较大的经济损失。在现代工程中，由于竞争激烈，合同价格中包含的利润越来越少，合同管理中稍有失误就可能导致工程亏损，这就对于一个工程的造价主管人员的综合能力要求比较高的，对于工程的进度结算、签证申请办理、设计变更整理、竣工结算资料的编制都需要结合合同的条款仔细深究。
(3)工程合同变动较为频繁。这主要是由于工程在完成过程中受内部与外部干扰的事件多造成的。a、其中材料价格变动往往会很容易影响到施工方的利益，这时候就需要注意合同管理中约定乙供材的价格变化风险范围，超过升降幅度之后最后结算价怎么计入问题； b、具体工程施工过程与投标报价时施工难度与施工条件发生变化，这是也是需要根据合同约定提出新的结算办法；c、国家政策与相关费率的变化时，合同中应该约定处理意见与方法。
(4)工程合同管理工作极为复杂。因此对工程合同管理就必须严密、细致、准确地管理。首先是因为工程体积庞大、结构复杂，要求技术标准和质量标准很高，这就给工程合同管理提出了一个新的要求：合同实施的技术水平和管理水平都要提高，才能满足工程管理的要求。其次，由于资金来源渠道多，有许多融资方式和承包方式，使工程项目合同关系越来越复杂。再次，合同条件也越来越多，不同的合同其条件也不同。工程项目的参加单位和协作单位也多，可能涉及到十几家甚至几十家。由此，涉及的合同文件也异常的多，这就更需要进行科学合理的协调和管理，保证工程的有序进行。
(5)合同风险大。由于合同自身具有的实施时间长，实施变动大，涉及面广外，导致合同受外界环境(如经济条件、社会条件、法律和自然条件等)影响大，引起的风险也大，所以，加强建设工程合同管理对减少和降低风险是至关重要的。