一、工程分包合同遇到纠纷怎么办
用工单位与劳务分包单位之间的合同争议，不属于用人单位和职工间的劳动争议纠纷，而属于民事合同关系，所以不能够申请劳动仲裁，应该通过法院诉讼途径解决。
具体的纠纷处理方式：
1、总承包企业或专业施工企业与不具备相应资质的企业签定的劳务分包合同。
这样的合同，根据《最高人民法院若干审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第1条和《合同法》等规定被认定为无效合同。合同无效后的处理：如果劳务分包企业提供劳务的工程合格，劳务分包企业依据《解《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件的适用法律问题的解释》第2条的规定，请求劳务费的应当得到法律支持。如果仅仅因劳务分包企业提供的劳务质量不合格引起的工程不合格，劳务分包企业请求劳务分包合同约定的劳务价款的，将得不到法律支持，并且，还应承担相应的损失。
2、总承包企业或专业承包企业与劳务分包企业以劳务分包合同的名义签订的实质上的工程分包合同。
这种合同将依据合同的实际内容及建设施工中的客观事实，及双方结算的具体情况，来认定双方合同关系的本质。其中有的可能会被认定为工程分包合同，那么就要按照工程分包合同的权利义务，来重新确认双方的权利义务。
3、工程分包企业以劳务分包合同的名义与劳务分包企业签订的实质上的工程再分包合同。
这种合同将被认定为无效。工程分包企业因此种行为取得的利润将被法院依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件的适用法律问题的解释》第4条的规定收缴，或者由建筑行政管理机关作出同样的收缴处罚。
二、建设工程承包合同的法律规定
最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》规定：加工承揽合同，以加工行为地为合同履行地，但合同中对履行地有约定的除外。如前所述，建设工程合同属于特殊的承揽合同。承揽合同的加工行为，在建设工程施工合同中体现为施工行为。承揽合同中的加工行为所在地，在建设工程施工合同中表现为建设工程所在地。
本条规定以施工行为所在地为合同履行地的规定与最高法院司法解释加工承揽合同以加工行为地为合同履行地的规定是一致的。这样规定便于人民法院审理案件，查清事实。如受诉法院所在地与建设工程分离，必然会增加受诉法院的工作负担、给一方当事人造成讼累，不符合两便原则(即便于人民法院审理和便于人民群众诉讼);以施工行为地为合同履行地，符合《民事诉讼法》规定，也符合两便原则。
按照《民事诉讼法》规定，除合同履行地为管辖地外，被告所在地也可能成为管辖地。
此外，按照《民事诉讼法》规定，建设工程施工合同的当事人在不违反《民事诉讼法》有关级别管辖和专属管辖的规定的情况下，可以在书面合同中协议选择被告所在地、合同履行地、合同订立地、原告所在地、标的物所在地人民法院管辖。
三、签订建设工程分包合同注意事项
分包合同甲方一般是指发包方，首先要关心两个问题：
1、自身是否具有将工程分包的权利;
2、乙方是否具有实施分包工程的资质。其他需要注意的问题也很多，但注意的是：
①建议业主应在招投标阶段将指定分包内容明确化，业主招标文件不明确时应及时提出咨询。应在总承包合同条款中详细约定指定分包工程的具体内容，明确承、发包双方的权利义务和相关费用的收取方法。
②总包合同中，总包承包范围、工程工期等方面尽可能约定不包含指定分包工程内容。
③作为总承包人，应尽量避免与指定分包人签订指定分包合同，争取使发包人与指定分包人直接签订指定分包合同，使指定分包工程变为总包合同外工程。
④若必须与指定分包人签订指定分包合同的，争取签订包括发包人、指定分包人在内的三方协议，约定总承包人仅履行总包管理之责，付款义务在发包人一方。
⑤应保存好施工过程中与指定分包人之间的往来函件、签证、会议纪要等原始书面的证据资料。
⑥在指定分包工程的工程款经过总包帐户情形下，指定分包合同中还可明确约定，总承包人支付指定分包人工程款应以总承包人收到发包人的该部分工程款为前提条件，若指定分包人在不具备该前提条件的情况下，以任何形式向总承包人主张工程款均视为违约，应承担一定数额的违约金。
⑦若必须只与指定分包人签订指定分包合同的，应和发包人、指定分包人明确约定，应付给指定分包人的资金(工程款)必须先进入总包帐户之后再付给指定分包人，力戒发包人直接付款给指定分包人，同时可要求指定分包人提供履约保证金或履约保函。