一、建设工程分包合同纠纷的管辖问题
《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》第18条规定：因合同纠纷提起诉讼，如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应当由被告住所地人民法院管辖，因此在建设工程施工合同未实际履行而发生纠纷时，法院管辖有特殊规定。当然，建设工程施工合同当事人协议选择仲裁处理纠纷时，则不发生类似问题，约定的仲裁委员会可对纠纷作出处理。
二、工程分包的法律风险
1、分包人主体资格不合法对总包的风险。
2、分包合同内容、形式不合法的风险。
3、转包及肢解后分包或分包人再次分包的风险。
4、挂靠或允许他人借用本企业的营业执照及资质证书承揽工程的风险。
5、分包合同订立不规范，缺漏必备条款的风险。
6、以包代管的风险。
7、业主指令分包的风险。
三、工程分包合同的签订应该注意什么
那么我们首先就要关注两个点，就是自己有没有权利进行将工程分包，那么另一个就是乙方对于实施分包的工程有没有相关的资质，在这其中有很多需要注意的细节问题，那么咱们就简单看几项：
1、建议业主在工程的招投标的阶段就要明确化制定的分包内容，及时的提出咨询对于业主的不明确的招标文件，那么在合同内容的条款中一定要把具体的分包内容进行明确化，对于双方的费用相关问题和双方的权利义务都要进行明确。
2、对于总的承包合同中尽可能的约定承包的范围和工期等方面。
3、总承包人与指定的分包人尽量不要签订相关的分包合同，最好是发包的人和指定的分包人直接签订相关的分包合同条款。
4、如果必须要和指定的分包人进行签订的话，那么就争取是签三方的协议合同，包括发包人和指定分包人在内，那么对于总承包人就仅仅是履行自己的管理的责任，付款的义务就由发包方去解决。