一、建设工程审计纠纷如何处理
1、合同当事人可以选择的纠纷解决方式：和解、调解、仲裁、诉讼
2、审计活动当事人可以采取的纠纷解决途径：首先确认审计活动中各方的行政法主体资格;在行政法制监督关系中，被审计单位是行政主体，可得的救济权利和救济方式是申请行政复议;行政机关以外的金融机构、企事业单位作为被审计单位，是行政相对人，救济方式是行政复议或行政诉讼。
二、建设工程审计的种类
工程审计包括两大类型：工程造价审计和竣工财务决算审计。造价审计一般是对单项、单位工程的造价进行审核，其审计过程与乙方的决算编制过程基本相同，即按照工程量套定额。这由造价工程师完成。
对于建设单位来说，由于造价审计只是审核单项、单位工程的合同造价，一个建设项目的总的支出是由很多单项、单位工程组成的，而且还有很多支出比如前期开发费用、工程管理杂费等是不需要造价审计的，所以还要有一个竣工财务决算审计，就是将造价工程师审定的，和未经造价工程师审核的所有支出加在一起，审查其是否有不合理支出，是否有挤占建设成本和计划外建设项目的现象等，来确定一个建设项目的总的造价。这由注册会计师完成。
三、工程审计时应注意的问题
1、注意招投标是否合规。建设项目招投标情况审计是审计的源头，只要从源头开始规范，才能有利于公司施工管理。工程项目招投标审计的内容主要有：①审查工程项目招投标程序是否按公司规定、是否合规、合法，其过程是否按照公开、公平、公正的原则进行。②审查有无应实行招投标的项目而未招投标，有无为了逃避招投标或钻招投标方式的空子，采取直接确定或形式招标确定施工、安装单位。③审查附属工程、零星工程是否经过招投标。④审查中标单位是否具备相应的资质，有无施工企业因自身资质较低或无资质，采取挂靠或使用其他单位资质投标的情况。
2、注意工程预算是否超标。检查工程结算总额是否超过预算总额，预算变更及调整是否经有权限有领导审批；单项工程预算编制是否真实、准确，包括工程量计算是否符合规定的计算规则，是否准确；分项工程预算定额选套是否合规，选用是否恰当。
3、注意签证手续是否齐全。检查签证单是否有业主驻工地代表、承包商、监理工程师的签字盖章。签证在签字过程中模仿笔迹、变相复印、其他人代笔等多种形式。检查签证有无双方单位盖章，印章是否伪造，复印件与原件是否一致等是审核的重要内容。
4.注意工程量的是否相符。要审核工程量时，特别注意是对于工程量的签证，审核时必须到现场逐项丈量、计算，逐笔核实。特别是对装饰工程和附属工程的隐蔽部分应作为审核的重点。因为这两部分往往没有图纸或者图纸不很规范，而现场勘察又比较困难。对破坏性的审核也不能大多。
5、注意设备价格、质材的检查。在对设备或材料进行审计时应注意合同价格的合理性，材料与质量是否与合同约定相一致，并将审查合同设备清单及财务结算发票相结合，对工程所需的设备，要看采购合同清单，如果属于业主直接采购的设备，要注意设备采购的运杂费、保管费的支付情况，应审查合同内容是否包括安装费、调试费及附件、配件等。