一、工程专项资金审计收费标准
1、只委托做初步设计或施工图设计时，按照行业划分设计工作量各占的比例并乘以1.1的系数计算收费。如果增加编制施工图预算，按工程设计收费标准乘以1.1系数计算收费。
2、工程设计中采用标准设计（标准构配件图除外）、复用设计，按同类新设计项目的20%收费。
3、进行工程技术咨询服务，参加规划调查、询价、报价、对外谈判等技术服务工作，以及没有制订具体收费标准的工作，可采用按直接生产人员工日计算收费的办法，收费标准为每工日85元。工曰的计算可执行工日定额或由设计方和委托方根据任务情况在签订合同时协商确定。需要到外埠出差，工期在六十天以内的任务，其差旅费由委托单位负担，工程设计单位由于所承担任务的需要而出国时，除制装费由设计单位支付外，其他出国费用（包括外汇额度）均应由委托单位支付。
4、收费标准中考虑了各种影响设计工作量因素的调整系数，如果在同一项目中的两种以上因素同时存在，由该项目总的调整系数应为各单项调整系数小数点以后数字之和再加1,但总的调整系数最高值不得大于1.5.
5、按实物或工日定额计取设计费的，凡投资在3亿元以上的项目，其费额最高不得大于概算比例的1.5%.
6、有较好的经济效益，经设计审查确认，可由上级主管审查部门决定，适当增加设计费，一般控制在设计费的10%以内如果设计质量和技术水平达不到合同要求的，应按合同规定扣减设计费。
7、设计费按设计进度分期拨付。设计合同生效后，委托方应向设计单位预付设计费的百分之二十。
二、审计方法
1、顺藤摸瓜法
通过对资金运动轨迹的跟踪，对每一笔资金的来龙去脉追查到底，沿着资金流向，资金到哪追到哪，涉及哪个单位查哪个单位，一直查到资金的最终用途。这是专项资金审计最基本也是最有效的方法，但费时、费力，工作量较大，因此，适用经验比较丰富，有较高的判断能力的审计人员，应突出重点，选择有疑点的资金进行审计。
2、调查法
此法适用于发现账外线索和核实发票审计，是获取账外审计线索或审计证据最有效的方法。审计人员在审计过程中，通过专业判断，认为被审计单位存在账外收支款项或支出票据中存在虚假发票，就要采取延伸调查的方法予以核实。首先，要制定好调查方案，对调查对象 谈话技巧 调查方式方法调查的内容以及被调查对象的确定做好安排；其次，调查应脱离被审计单位，审计人员独立进行。
3、银行存款核对法
适用于专项资金审计，是发现专项资金转移 挪用最有效的方法。不仅要对余额 未达账项进行核对，而且要对每一笔发生额进行核实，对不符的款项或虽然相符但认为有异常的款项，要进行延伸审计开户行和到对方单位进行核实，查清专项资金的具体使用用途。
4、分析性复核法
分析性复核是指审计人员对被审计单位重要的比率或趋势进行分析，主要目的是发现异常事件和数据，是审计人员进行综合判断的基础。对分析中发现的差异，特别是对异常变动进行调查，必要时要适当追加审计程序。
三、审前准备工作
1、收集工程相关的文件资料。施工合同、招投标文件、编制标底等工程相关文件资料是工程决算编制的指导性文件，在进行工程决算审计工作之前，必须对其进行收集整理，并进行详细地了解。
2、熟悉竣工图纸。竣工图是审计决算分项数量的重要依据，必须全面熟悉了解，核对所有图纸，清点无误后依次识读。
3、了解决算包括的范围。根据决算编制说明，了解决算包括的工程内容。例如配套设施、室外管线、道路以及会审图纸后的设计变更等。
4、弄清所采用的单位估价表。任何单位估价表或预算定额都有一定的适用范围，应根据工程性质，收集熟悉相应的单价、定额资料。