一、工程审计的基本流程
1、工程审计是依据国家《审计法》等相关规定，对工程概、预算在执行中是否超支，有无隐匿资金、截留基建收入和投资包干结余，以及有无以投资包干结余的名义私分基建投资的违纪行为等。审计是以基建项目为标的，以会计师、审计师为主要从业人员。
2、工程审计基本流程分两种，一种为委托审计，一种为自行审计。
（1）委托审计
签收资料，检查核对资料完整性选择中介机构，签订委托协议组织协调中介机构出具审计报告报领导审批出具审计意见书审计档案归档。
（2）自行审计
签收资料，检查核对资料完整性主审人开展审计提出审计意见出具审计报告报领导审批出具审计意见书审计档案归档。
二、工程审计收费标准
1、只委托做初步设计或施工图设计时，按照行业划分设计工作量各占的比例并乘以1.1的系数计算收费。如果增加编制施工图预算，按工程设计收费标准乘以1.1系数计算收费。
2、工程设计中采用标准设计（标准构配件图除外）、复用设计，按同类新设计项目的20%收费。
3、进行工程技术咨询服务，参加规划调查、询价、报价、对外谈判等技术服务工作，以及没有制订具体收费标准的工作，可采用按直接生产人员工日计算收费的办法，收费标准为每工日85元。
4、收费标准中考虑了各种影响设计工作量因素的调整系数，如果在同一项目中的两种以上因素同时存在，由该项目总的调整系数应为各单项调整系数小数点以后数字之和再加1,但总的调整系数最高值不得大于1.5.
5、按实物或工日定额计取设计费的，凡投资在3亿元以上的项目，其费额最高不得大于概算比例的1.5%.
6、有较好的经济效益，经设计审查确认，可由上级主管审查部门决定，适当增加设计费，一般控制在设计费的10%以内如果设计质量和技术水平达不到合同要求的，应按合同规定扣减设计费。
7、设计费按设计进度分期拨付。设计合同生效后，委托方应向设计单位预付设计费的百分之二十。
三、工程审计的费用由谁支付
审计单位与业主一般是按结算造价的比例支付审计费用，这个系数根据项目不同系数也不同，可以是2%或3%.另外超出审核造价后5%部分按5%的审计费由施工方支付。举个例子：
比如一个送审1000万的项目，业主和审计单位谈好按2%支付审计费，那么审计在这块里可以拿到1000*2%=20万，如果审核后是960万，1000/960-1=0.0417,没超出5%,那么审计只能拿到20万。如果审核后最终造价是800万，1000-（800*1.05）=160万。那么160*5%=8万，这个8万由施工单位支付。审计可得20+8=28万。而且审计核增、核减都要算。