一、在建工程转让的相关税费
根据《财政部国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）第二条第七项规定，单位和个人转让在建项目时，不管是否办理立项人和土地使用人的更名手续，其实质是发生了转让不动产所有权或土地使用权的行为。对于转让在建项目行为应按以下办法征收营业税：
1、转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按转让无形资产税目中转让土地使用权项目征收营业税。
2、转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按销售不动产税目征收营业税。在建项目是指立项建设但尚未完工的房地产项目或其他建设项目。该文件第三条第二十项规定，单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，以全部收入减去不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额。
二、在建工程项目转让需要办理的法律手续
1、项目土地使用权为划拨取得的，应办理土地使用权出让手续；
2、项目土地使用权的变更登记手续；
3、在建工程项目转让的备案手续，具体向房地产开发主管部门办理；
4、建设工程规划许可证及建设工程施工许可证的更名手续，具体向规划管理部门和建设管理部门办理；
5、其他根据有关政府部门要求需要办理更名或备案的手续。
在建工程转让同土地、房屋转让一样，以登记为生效要件，未经备案或未按规定办理过户手续的在建工程转让行为是无效的。因此，在在建工程转让中，不可忽视最后的手续问题.
三、制作在建工程和房地产项目转让合同应注意的问题
1、在建工程和房地产开发项目转让必须由所有转让、受让的当事人以书面形式协商一致；
2、在建工程和转让项目已有的各种政府批文均必须在合同中列明，包括立项和规划批文等；
3、在建工程和项目转让应符合开发不同阶段的政府有关允许转让的条件；
4、在建工程和已成立项目公司以公司股权转让方式转让全部或部分房地产项目，应按公司法有关规定办理工商变更登记手续，同时办理房地产转让的变更登记手续；
5、成立项目公司的转让方的债权债务要明确，潜在债务的澄清，要约定公告程序；
6、未成立项目公司以合作各方的投资权益内部转让全部或部分房地产项目，应按项目土地使用的不同情况，申办变更立项和土地使用的批准手续；转让给合作各方以外当事人的，须获得原合作各方及受让方的一致同意；
7、在建工程和转让的项目如尚未办理土地出让手续或虽已办理了出让手续，转让时尚未付清出让金的，应约定办理出让手续的具体责任人及有关费用，包括尚未付清的费用的承担方式；
8、在建工程和项目转让时，项目未按出让合同约定的期限和条件进行开发，转让合同应约定补办政府主管部门认可手续及具体责任人；
9、在建工程和项目转让时，按出让合同的土地使用年限已开始使用的，转让合同约定的土地使用年限应作相应扣除；
10、在建工程和房地产项目转让前已实行预售的，应约定转让双方通知预购业主，并明确因此引起相应责任的处理方法；
11、在建工程和房地产项目转让均系要式的须经批准的行为：合作开发的立项、规划选址、规划用地、建筑设计、施工许可，以及项目转让的土地使用人（股东或权益人）或者项目功能、用途等变更手续，均需获得政府有关主管部门的许可或批准，并持有批准文件或证照；
12、在建工程和以转让项目公司股权方式； 需约定：项目公司概况、股权转让比例、价格、支付方式，现有资产的认定，需出示原公司股东会决议并需办理工商变更登记手续等。