一、在建工程转让的流程
综合现行有关法律法规的规定，通过资产转让方式转让在建工程，应履行以下程序：
1、对双方已确定的各项转让内容进行逐一清点、核查，或由专业评估机构对目标资产进行评估后确定转让价格，并在此基础上签订书面转让合同；
2、在相应行政机关办理相关过户登记。因项目公司主要资产转让减少注册资本的，还须通知债权人并在报纸上公告，项目公司在履行完毕相应债权债务关系后办理相应的注销手续；
3、转受让双方应当自土地使用权变更登记手续办理完毕之日起30日内，持房地产开发项目转让合同到房地产开发主管部门备案手续；
4、在建工程相关建设用地规划许可证、建设工程施工许可证等部分或全部建设手续的更名审批程序；
5、已签订的设计、施工、监理、银行抵押贷款、商品房预售等在建工程相关合同、协议的权利义务移转程序等。
通过股权转让方式转让在建工程的，只需签订股权转让协议并按规定办理股权转让的工商变更登记手续(外商投资企业还应办理相应股权变更审批手续)即可完成转让。由于对外的土地使用权主体和项目主体并未发生改变，因此无需进行土地使用权或资产转让所必须的相关权属变更登记程序。
综上，通过资产转让方式转让在建工程，涉及的内容相对更多、程序更为复杂，且政府主管部门审批等不可控的因素更大；相比之下，股权转让程序更为简易、快速。
二、如何办理在建工程转让
在建工程转让应满足以下条件：
1、按照出让合同约定已经支付全部土地使用权出让金，并取得土地使用权证书；
2、按照出让合同约定进行投资开发，属于房屋建设工程的，完成开发投资总额的25%以上，属于成片开发土地的，形成工业用地或者其他建设用地条件；
3、房屋建设工程转让，应当符合下列条件：
（1）土地使用权以出让方式取得，已经支付全部的土地使用权出让金；
（2）土地使用权已依法登记并取得房地产权证书；
（3）取得建设工程规划许可证；
（4）取得建筑工程施工许可证；
（5）房屋建设的开发投资总额已经完成25%以上。
因此，只要符合上述条件，并且不违反法律的相关规定，就可以按照上述程序办理在建工程转让。
三、在建工程项目转让协议的主要合同条款内容如下：
1、双方当事人情况
2、项目概况(包括：坐落地点、项目性质、四至、占地面积等)
3、转让方对在建工程转让限制条件的不存在或已解决承诺。
4、项目转让时土地使用权性质，获得方式及使用期限
5、转让费用的构成、数额、支付方式和期限
6、项目用地、工程建设的有关审批程序重新办理手续协助
7、在建工程转让交割日期及方式
8、双方的权利义务
9、违约责任
10、解决争议的方法
11、转让当事人约定的其它事项.