一、重点审查结算方式是否符合合同约定
1、重点审查合同的结算方式。采用固定单价合同，清单工程量如何计算，是按实结算还是变更增减调整，变更单价如何计算等在合同中如何约定。
2、重点审查合同约定的风险范围。采用固定单价合同，人工、材料涨价等政策性文件规定调整范围在合同中是否有约定。在审计过程中如发现施工单位违反合同约定，擅自改变结算方式，如结构变化较大，无法进行变更增减结算，要及时与相关部门及建设单位沟通方可审计。
二、重点审查结算是否符合招、投标文件规定
招、投标文件是合同的重要组成部分。招标文件包括工程造价、工期、质量、评标办法、工程量清单等，是建设单位对投标活动的要约；投标文件是施工单位对招标文件的实质性响应，工程一经中标，施工单位应严格履行投标承诺并进行实施。
在审计过程中，要重点审查决算报价是否符合招标规定、是否与投标文件相一致；合同内单价是否与投标单价一致，合同外变更单价是否与投标报价计算方式一致，工程量计算是否符合清单报价规定等。
三、重点审查变更签证手续是否合规
1、对设计变更签证资料的审查。主要审查设计变更手续是否合规，是否经原设计人员变更，有无擅自扩大建设规模，扩大建设规模是否经原主管部门审查批准。对超规模造价如何结算，是否符合招投标有关规定等。
2、对监理变更签证资料的审查，重点审查签证手续是否与实际做品一致，签证的工程量有无图示尺寸，计算公式、隐蔽工程有无纪录，所有工程量是否经过三方现场实量。在审计过程中要对那些变更造价奇高要重点审查签证资料的真实性，合规性。
四、重点审查暂定价计算是否正确
在工程审计时，要重点审查暂定价是否进行供货商招投标或市场询价，材料价格是否符合同期信息价及市场行情。其次要重点审查暂定价的组成部分，主材价格中是否包含采购、保管、运输、损耗等费用，综合单价的内容是否重复，计算方式是否与投标一致。
五、重点审查变更减少及其他费用是否正确
1、要重点审查合同内已列入的建设单位的预留金、甲供材、甲供水电费及合同内未做项目是否按规定进行剔除。
2、要重点审查现场文明考评费率等需核定的费用是否经相关部门考核、结算的费率是否与标函一致、招标代理费用是否与实际发生的原始票据一致，有无重复列支、变更工程是否按投标规定进行同等优惠。
3、对决算中提出的索赔、工期奖、措施费等费用，要重点审查计算依据是否符合合同约定及相关法律法规规定。