高压泵入口压力应至少大于0.05MPa，防止空气或精密过滤器前截留物被高压泵抽入反渗透膜。
应该及时调整浓水量，保持回收率75左右，应既不能使浓水中微溶盐浓度超过溶度积而结垢，又不应浪费水即应达到经济运行状态。
当与初始投用状态相比，标准化的RO反渗透设备产水量下降10，或在特定条件下产水含盐量明显上升，或压差增加了15时，应对反渗透膜进行及时清洗。
停用的反渗透膜应定期低压冲洗，尤其夏天，应做到每班冲洗一次，如停运时间大于7天，应采用0.5~1的亚硫酸氢钠或0.5-1的甲醛溶液对反渗透膜进行保护并应及时检测保护液的pH值和浓度。
机械过滤器定期反洗。反洗时进行压缩空气气体摩擦，反洗合格后静置10min左右再正洗，正洗出水合格后方可投入使用，勿将空气带入反渗透，在不影响SD值的情况下，尽可能延长RO反渗透设备过滤器的运行时间，这样既减少了切换过滤器对出水水质的冲击，又节约了大量反洗用水。
定期对给水水质进行化验分析，根据实际情况及时调整絮凝剂、杀菌剂、还原剂及阻垢剂的加药量防止絮凝剂穿透过滤器与阻垢剂反应影响阻垢效果，或污染反渗透膜。防止杀菌剂用量不足而使反渗透膜受细菌污染，或因杀菌剂过量而使膜被氧化。防止阻垢剂含量不足使浓水结垢而导致RO反渗透设备膜化学污染。
定期检查、及时更换精密过滤器滤芯，防止滤芯因安装或质量问题发生泄露所引起的反渗透膜的颗粒污染，当精密过滤器进口压差大于0.15MPa时，应更换滤芯，一般应每月检查一次，2-3个月更换一次滤芯。RO反渗透设备运行时还应经常检查精密过滤器内是否有气体，不能让空气带人反渗透膜，对备用或长期停运的精密过滤器，要采取加甲醛保护的方法防止细菌大量繁殖。