首先，RO反渗透设备的总进水量(即产水和浓水之和)由RO进水调节阀来控制，如果反渗透设备进水量没有变化，则不要乱动RO进水调节阀，严禁全开或全闭。
RO浓排调节阀用来调整系统回收率，如回收率没有变化，则不要乱动浓排调节阀，禁止全开或全闭，当RO反渗透设备装置发生高低压报警时，先检查保安过滤器至高压泵这间的手动阀开度是否太小，然后检查RO进水调节阀及浓排阀是否正常，再按高低压报警复位按钮，重新启动RO反渗透设备。
其次，严格控制进水水质，保障装置在符合进水指标要求的水质条件下进行，操作压力控制，应在满足产水量与水质的前提下，取尽量低的压力值，这样有利于降低膜的水通量衰减，减少膜的更换率，进水温度控制，应根据实际用水量，取临界压力(进水压力低于该值脱盐率产生明显下降的压力值)不能满足产水蛳与水质要求的较低温度来作为该时间段内的进水温度，这样可以降低膜水量的衰减。
此外，RO反渗透设备排放量控制，由于水温、操作压力等因素的变化，使装置的产水量也发生相应的变化，这时应对排放量进行调整，否则将影响装置的脱盐率，装置不得长时间停运，每天于少运行2小时，如准备停机72小时以上，应用化学清洗装置向组件内充装1%严硫酸氢纳和18%甘油实施保护，RO反渗透设备装置每次停机和启动都应让装置在进水压力小0.4MPA条件下冲洗10分钟。