一、 黑白合同应如何认定
实践当中，黑白合同最为常见的差异在于工程价款的结算原则不同，当然工期、质量等实质性内容相异的也不少。黑白合同是建筑市场普遍存在的现象，也是这个行业的潜规则之一。随着政府规范整顿建筑市场力度的加大，黑白合同不是越来越少，反而越来越多。一方面，根据《招标投标法》的相关规定，属于必须进行招标的项目需要经过招投标程序选择中标人；另一方面，发包人为实现利益最大化而不断想方设法将成本降到最低，且建筑行业僧多粥少的现状，又决定了很多承包人愿意在极其微薄的利润下承接项目。在这样的行业大背景下，黑白合同尤为盛行。
那么，什么样的合同构成黑白合同呢？根据《最高人民法院建设工程施工合同司法解释的理解与适用》一书中的相关解读，黑合同对白合同的实质性违反或背离是指在工程价款、工程质量、工程期限等三个方面对白合同的内容实质性违反或背离，而不是指一般的合同内容变更或其它条款的修改。这里的工程价款是指发包人按照合同约定应当支付给承包人为其施工的对价；工程质量是指合同约定的工程具体条件，也是这一工程区别于其他同类工程的具体特征；工程期限是指合同中约定的工程完工并交付验收的时间。但司法实践中，何为实质性违反或背离却没有明确的标准，导致容易出现不同的判决认定。举例说明：比如双方在中标合同中确定的总工期为300天，其后双方当事人签订了另一份合同，将总工期重新约定为200天。在这种情形下，构成黑白合同没有异议。但是，假如后签订的这份合同中将工期重新约定为290天，与中标合同仅相差10天，是否构成黑白合同？这个时候就出现争议了。黑白合同中实质性内容的不一致是多大程度上的不一致，难以有统一的标准。同时，在建设工程领域，黑白合同的表现形式极其复杂，比如发包人利用先天的优势地位要求承包人另行签订总造价让利的承诺书；或者要求承包人以高于市价的价格购买发包人的房屋；或者要求承包人为其免费施工附属设施，等等。实践中黑白合同的表现形式多种多样，需要结合具体情况加以判断。
从最高人民法院的审判指导思想及司法实践来看，法院对黑白合同中实质性内容的认定是比较谨慎的，最高人民法院冯小光法官在《回顾与展望写在最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释颁布实施三周年之际》一文中做了比较好的阐述：从宽把握实质性内容的底线，是从宽把握的幅度不能与法律规定、国家标准、行业规范相悖。像通过经济洽商记录减少后的工程价款不能低于工程成本，缩短后的工期不能违反建设工程施工行业的工艺流程所必需的周期、不能违反建筑施工应当遵循的自然规律。像水泥板结存在自然周期，违反自然规律在水泥未完全板结前开始下一个工序抢工期，这种行为必然会降低水泥的设计强度，必然会影响工程质量，违反国家标准甚至国家强制性标准。突破上述底线的，人民法院应当坚决认定当事人另行签订了黑白合同。
二、区分黑白合同与合法有效的合同变更及签证等情形
在认定黑白合过程中，应当将合同履行过程中出现的合同变更及签证等合法有效的情形与黑白合同加以区分。
施工合同较为复杂且专业性较强，在签约时双方不可能将所有的问题都约定的很清楚，而且在后续合同履行过程中经常会出现许多新的变化，因此，在签订中标合同后可能会再行签订补充协议或修改原合同中的部分条款，对此前未约定或约定不明的问题加以明确。除了在工期、质量、价款等实质性内容上必须与中标合同一致外，其他非实质性内容的合同条款，经双方协商一致是可以变更的，只要该变更不属于《合同法》第五十二条规定的合同无效情形，就是合法有效的合同变更。
对于施工过程中出现的签证，因该签证行为产生的价格确认是否构成黑合同？一般情况下，签证是双方在合同实际履行过程中达成的新的补充协议，但签证成立与否仍然要以签证的事件以及中标合同的约定为基础，一份合法有效的签证不是黑合同。但是，如果以签证的名义在毫无事实基础支持的情况下不合理增加合同价格的，实际上就可能构成黑合同。
另外，在判断一份补充协议，比如结算协议是否构成黑合同时，可以结合以下因素加以考虑：如补充协议的内容是否发生了实质性的变更；补充协议的签订时间与招投标的时间间隔情况；补充协议的签订背景为何；施工过程中是否发生新的变化，或者订立合同时的客观情况是否发生了变化；补充协议的签订目的是否正当等等。
三、黑白合同的结算黑白合同应以备案的中标合同为准
《施工合同司法解释》第二十一条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据，该条规定确立了黑白合同情形下以备案的中标合同为准进行结算的原则。
为了准确理解该条规定，建筑企业需要重点把握以下三点：
第一，该规定的适用必须同时具备两个前提条件：一是项目经过招投标；二是中标有效。如果项目经过招投标但中标无效的，因中标无效，相应的中标合同也无效。
第二，备案的中标合同与招投标文件不一致时应以何为准？《施工合同司法解释》（法释[2004]14号）第二十一条规定的是当备案的中标合同与实际履行的黑合同不一致时，以备案的中标合同为准进行工程价款结算。但实践中可能出现备案的中标合同与招投标文件的实质性内容不一致的情形，或者有两份中标合同，一份没有备案的与投标文件的实质性内容一致，另一份是备案的与投标文件实质性内容不一致，比如合同价格形式不一致，这时该如何结算？根据《招标投标法》及其《实施条例》等相关法律规定，在备案的中标合同与招投标文件不一致的情形下，应当以招投标文件约定的结算原则为准，这是与《招标投标法》及其《实施条例》的立法本义相一致的。
第三，在实践中有时还会出现招标文件与投标文件实质性内容不符的情形，在这个情形下以哪个为准呢？这就需要结合具体合同中的约定，一般情况下，按1999版施工合同和2013版施工合同，在合同的组成部分中都没有招标文件，因为主流观点认为招标文件属于要约邀请，可以不放入合同中。如果投标函与招标文件的实质性内容偏离，一般不予中标，但一旦中标了，则应以投标函为主。当然，如果合同中对招标文件及投标函的优先解释顺序做了另行约定的除外。