（1）协商时间特殊。合同变更的协商发生在履约过程中合同内容变更之时。而工程变更的范围、估价原则等的协商发生在合同订立之时，内容、价款的协商则发生在工程变更之时。
（2）变更主体特殊。在签订合同后，合同变更的主体是协商一致的承发包双方，而工程变更的主体是发包人。
（3）变更范围特殊。合同变更范围可为全部合同内容，但工程变更范围仅限于为顺利实施工程而对工程的外观、标准、功能及其实施方式所做的必须修改。标准合同中，发包人均委托工程师进行工程变更，但工程师无权修改合同。07版《标准招标文件》合同4.1.2条规定监理人无权免除或变更合同约定的发包人和承包商的权利、义务和责任。
因此，发包人为顺利完成工程所需而改变工程的外观、标准、工程及其实施方法，如附加工作、一般删除，属于工程变更，无需征得承包人同意，承包人可要求按合同约定的变更计价条款估价。发包人为顺利完成工程所需以外原因改变工程的外观、标准、功能及其实施方法的，如额外增加与完成合同无必然关系的新增工作或实质性删除大量或重要合同约定工程内容，属于合同变更，应该事先征得承包人同意，且应重新估价。所以，本文开头所举例子，发包人将原合同的100%承包范围通过变更程序，仅留剩余10%的工程内容交由原承包人承接的情形属于合同变更，应经得承包人同意。