订立工程合同前，要细心研究合同条款，要结合项目特点和当事人自身情况，设想在履行中可能出现的问题，事先提出解决的措施。合同条款用词要准确，发包人和承包人的义务、责任、权利要写清楚，切不要因准备不足或疏忽而使合同条款留下漏洞，给合同履行带来困难，使施工单位合法权益蒙受损失。
签订建设工程施工合同，应充分注意并处理好下列问题：
一、仔细阅读使用的合同文本，掌握有关建设工程施工合同的法律、法规规定。
目前签订建设工程施工合同，普遍采用建设部与国家工商局共同制定的GF一1999―0201《建设工程施工合同》示范文本。该文本由协议书、通用条款、专用条款及合同附件四个部分组成。签订合同前仔细阅读和准确理解通用条款十分重要。因为这一部分内容不仅注明合同用语的确切含义，引导合同双方如何签订专用条款，更重要的是当专用条款中某一条款未作特别约定时，通用条款中的对应条款自动成为合同双方一致同意的合同约定。
有关建设工程施工合同的法律、法规规定主要有：《中华人民共和国合同法》、《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》、《建筑业企业资质管理规定》、《建筑业企业资质等级标准》(试行)、《建筑安装工程总分包实施办法》、《建设工程施工发包与承包价格管理暂行规定》、《工程建设项目实施阶段程序管理暂行规定》等。
二、严格审查发包人资质等级及履约信用。
施工单位在签订《建设工程施工合同》时，对发包人主体资格的审查是签约的一项重要的准备工作，它将不合格的主体排斥在合同的大门之外，将导致合同伪装的坑穴和风险隐患排除在外，为将来合同能够得到及时、正确地履行奠定一个良好的基础。
根据我国法律规定，从事房地产开发的企业必须取得相应的资质等级，承包人承包的项目应当是经依法批准的合法项目。违反这些规定，将因项目不合法而导致所签订的建设工程施工合同无效。因此，在订立合同时，应先审查建设单位是否依法领取企业法人营业执照，取得相应的经营资格和等级证书，审查建设单位签约代表人的资格，审查工程项目的合法性。其次还应对发包方的履约信用进行审查。
三、关于工期，质量、造价的约定，是施工合同最重要的内容。
工期、质量、造价是建设工程施工永恒的主题，有关这三个方面的合同条款是施工合同最重要的内容。
1、实践中关于工期的争议多因开工、竣工日期未明确界定而产生。开工日期有破土之日、验线之日、进场之日之说，竣工日期有验收合格之日、交付使用之日、申请验收之日之说。无论采用何种说法，均应在合同中予以明确，并约定开工、竣工应办理哪些手续、签署何种文件。对中间交工的工程也应按上述方法作出约定。
2、根据国务院《建设工程质量管理条例》的规定，工程质量监督部门不再是工程竣工验收和工程质量评定的主体，竣工验收将由建设单位组织勘察、设计、施工、监理单位进行。因此，合同中应明确约定参加验收的单位、人员，采用的质量标准，验收程序，须签署的文件及产生质量争议的处理办法等。
3、建设工程施工合同最常见的纠纷是对工程造价的争议。由于任何工程在施工过程中都不可避免设计变更、现场签证和材料差价的发生，所以均难以一次性包死，不作调整。合同中必须对价款调整的范围、程序、计算依据和设计变更、现场签证、材料价格的签发、确认作出明确规定。
四、对工程进度拨款和竣工结算程序做出详细规定。
一般情况下，工程进度款按月付款或按工程进度拨付，但如何申请拨款，需报何种文件，如何审核确认拨款数额以及双方对进度款额认识不一致时如何处理，往往缺少详细的合同规定，引起争议，影响工程施工。一般合同中对竣工结算程序的规定也较粗，不利操作。因此，合同中应特别注重拨款和结算的程序约定。
五、总包合同中应具体规定发包方，总包方和分包方各自的责任和相互关系。
尽管发包方与总包方、总包方与分包方之间订有总包合同和分包合同，法律对发包方、总包方及分包方各自的责任和相互关系也有原则性规定，但实践中仍常常发生分包方不接受发包方监督和发包方直接向分包方拨款造成总包方难以管理的现象，因此，在总包合同中应当将各方责任和关系具体化，便于操作，避免纠纷。
六、明确规定监理工程师及双方管理人员的职责和权限。
《民法通则》明确规定，企业法人对它的法定代表人及其它工作人员的经营行为承担民事责任。建设工程施工过程中，发包方、承包方、监理方参与生产管理的工程技术人员和管理人员较多，但往往职责和权限不明确或不为对方所知，由此造成双方不必要的纠纷和损失。