（1）预算编制不合理。这是产生超预算最根本性的原因。一方面很多时候是因为缺乏对工程的了解，缺乏调查分析和风险评估，对实际工程的情况了解比较片面。同时参与预算编制的人员在专业素质方面可能不足，导致编制预算失误，并且在预算审核时没有把好关，预算审核更多浮于表面，无法全面真实反映和预测工程的实际支出情况。
（2）施工阶段工程造价控制力度不足，造价控制相对独立。由于工程项目的工序比较多，在施工的过程中如果管理不善，那么工程情况就不能够得到比较及时反馈，管理人员就很难对造价进行有效的监控和调整。工程造价控制应当是贯彻整个工程从筹建到竣工验收全过程的，其深度、广度均有很高要求，但很多建设单位对工程造价认识不足，更多关注招投标阶段和竣工决算阶段的造价控制，施工阶段却缺乏动态控制。甚至部分企业在施工阶段连施工管理都没有做好，施工现场混乱、浪费材料、设备空转等等。或者随意变更，施工质量达不到验收标准，返工等这些情况均会增加成本。这同时也说明工程造价控制相对独立，对工程造价重要性认识不足，与其他成本控制工作脱节，造价控制范围较小，信息共享不足，很多重合部分缺少依据，这样一来出现超预算则不足为奇。
（3）恶意竞争，低价中标。十三五期间，我国经济增速放缓，面对经济下行的压力，特别是现阶段各行业大力推进去库存，尤其是建筑行业，泡沫却越吹越大。反过来说，建筑行业参与者的规模也就越大，市场竞争也就越激烈，部分企业为在工程投招标阶段获得机会，采取恶意竞争的方式低价中标。后期在施工时又随意变更以期增加盈利，加之业主和设计方可能存在的失误，导致实际情况与工程预期不符，形成变更，这必然会导致成本增加。
（4）对市场预判不足。十八大以后，我国经济发展面临新形势、新问题，供给结构性改革进程中，市场情况瞬息万变。对于工程建设项目而言，一般建设周期长、材料消耗大、人员组织庞大等等。这些特点决定了实际预算当中准确预测市场动态和政策方向的难度很高，一旦市场出现波动，超预算就会出现。加之预算编制不合理，精准预测更加困难，市场和政策因素虽然是不可控因素，但也需要采取适当方式规避或是降低这些因素的风险。
(5)项目设计易变更。建设项目工程造价预算通常在工程设计阶段进行，受到各种因素影响，工程设计并不稳定，很容易产生变更，设计变更就会导致预算变更，从而影响到工程造价的准确性。工程设计需要多个设计师共同参与，之所以会出现设计变更，设计师缺乏沟通是重要原因，另外一个原因是设计过程中，设计师没有充分考虑现场实际情况。无论什么原因导致工程设计变更都会增加工程预算，导致工程超预算。