一是项目决策的科学性和可行性。重点是立项、可行性研究评估、初步设计概算等，把好项目决关策，确保项目的合法、合规、科学。
二是项目招投标。重点是招投标程序，对项目招标文件、招标控制价、工程量清单等进行复核，促进工程招投标工作的公开、公平、公正。
三是项目合同。重点审查合同与招投标文件、补充条款和注意事项等，防止因合同内容有误或遗而造成建设资金的损失浪费。四是征地拆迁补偿。重点审计征地动迁补偿是否符合有关规定和标准，确保国家和被拆迁人的利益。五是建设项目资金的来源和到情况。重点审计建设资金是否落实到。
(二) 项目实施阶段跟踪审计。
一是项目建设合同履行情况审计。重点审计合同是否认真履行，确保合同的真实性、合法性、合理性，以及合同的有效履行。
二是工程造价审计。重点审计施工方案的变更、调整，把好工程施工的工艺、进程、质量、工程投资。
三是现场签证的审计。重点审计工程量的签证，防止虚假签证。
四是施工现场审计。重点防止施工单偷工减料、以次充好等问题，促进业主加强工程管理，提高项目施工质量。
五是过程造价审计。重点审计工程价款结算、工程量计算、综合单价执行、合同外新增项目综合单价测算及其定额套用、费用计取、材料价格等。
六是工程监理审计。重点检查监理单是否履行监理职责，促使监理单加强项目质量和计量的监理。
七是工程管理审计。重点对项目建设计划、组织、管理等进行必要的抽查、考核。
八是内部控制制度审计。重点审计参建各方的内部管理制度，检查存在的洞，促进相关单健全规章制度。
九是工程财务收支审计。以建设资金为主线,检查项目资金支出是否合规、合法、有效。
（三）项目竣工决算阶段跟踪审计。
一是竣工验收。把握好分项验收、阶段验收和竣工验收，及时办理资料的交接手续，对工程投资的节约和超支情况，以及剩余资产要妥善处理。
二是项目投资效益。根据可行性研究报告及概算、有关的经济、技术、社会和环境等指标，对项目建设以及建成后的效果进行对比分析，找出项目建设管理过程中存在的问题，对项目投资决策的合规性、经济性、效率性、效果性以及环境因素等进行综合评价，提出前瞻性的审计意见和建议。
三是处理和落实。整个项目审计结束后，尽快形成审计报告并及时与有关方面沟通，及时提出对存在问题的处理和落实。
（四）创新跟踪审计方式方法。
一是坚持全面跟踪。以建设单为主体实施审计，把审计视野扩展到建设项目涉及的各个环节，采取阶段审计、不定期审计等方式，对建设资金的筹集、管理、使用情况及有关事项进行跟踪审计，做到资金运行到哪里，审计就跟踪到哪里。
二是突出审计重点。重点审计隐蔽工程、重大设计变更、大宗材料设备采购、工程造价结算等重点控制环节。
三是延伸审计不放松。依法对与项目有关的勘察、设计、施工、监理、采购、供货等单进行延伸审计监督，及时发现各个环节存在的洞和不合规的问题。
四是利用先进仪器设备。发挥好照相、像、GPS等技术装备的作用，做好对项目原始地理地的测量取证，对隐蔽工程及其它重要环节等进行现场取证，为竣工结算提供可靠依据。
五是利用计算机辅助审计。科学采集数据，利用好工程造价审计软件，提高审计效率和质量。