1、要建立专项工程账目管理机制建立专项工程账目，确保专款专用是对整个水利工程的建设，意义重大，有专门的资金管理部门，能使资金的使用率达到最大化，如小型农田水利建设资金要专账、专户与专人管理，要按工程进度拨款，并严格按照相关的规定办事，不能越级对资金的使用，而且在使用之后，有详细的记录。资金流转要通过银行转账或电汇，工程完工后要及时办理竣工决算。
2、要建立工程效益审计制度当前我国农田水利工程很少有专业的工程效益审计制度，这就导致其价值不能达到最大化，甚至影响了原本的价值体现。这就要求工程完工后，要抓好跟踪审计，并组织专业的人员进行文件记载，把工作中难以解决的问题与相关解决措施及工整的清晰的记录，认真进行总结工作经验，只有这样才可制定更好、可行的发展策略。
3、努力深化与完善农村水利改革对现代农业，以往传统的小面积的农田水利工程，已不在适合。对于现代农田来说，要建造大型且功能多面化的新型水利工程，这样才能更快的发展中国的农业。
（1）推动小型农田水利工程产权制度改革健康深入发展，努力把其作为标准化的工程建设。
（2）要以水利工程为单元，通过对基层水利队伍的改组、改造及改革与完善。
（3）培养农民群众的水利管理专业知识，雇佣农民工作为工作人员，由于水利工程就是给自己家建造的，有利于自已，因此会主动保护好工程。
4、要扩大投资要使水利建设资金合理分配，做到区域内的平衡与和谐建设，水利建设管理部门要对现有工程进行维修扩建与改造，以确保对农田水利基础设施的建设，适应农村水利发展的要求。并且在增加地方财政投入的同时，地方政府也加强了对农村小型水利工程建设的行政领导，积极调动组织群众参与水利工程建设的积极性，充分发挥政府资金的引导作用，鼓励村民投入到水利工程建设当中去，以节省人力资金，以免出现由于资金短缺使得一些重点工程延误。
5、要加强对农田水利工程建设的监管力度制定一套完善的工程建设管理制度，同时组建一个完整的质量监督体系，自上而下，齐抓共管。农村小型农田水利工程内容广泛，要实行统一管理，合理规划布局，完善建设程序。建立健全资质认证制度，落实工程招投标制度，规范施工管理，明确工程投资，实行施工准入证制度与工程监理制度，加强竣工验收备案制度和严格奖惩制度，使农村中小型水利工程建设朝着规范有序方面发展。依据各种不同农村水利的特点，对不同功能的水利工程采取相应的管理措施，使水利工程在完善的工程管理条件之下，取得较好的工程效益。