城市生态水景观存在问题的分析，是针对性构建生态景观水网的基础依据，水体恶化、生态污染和水资源枯竭等现实的问题纵横交错，成为目前城市生态水景观发展的绊脚石：
（1）河道生态功能逐渐丧失，水资源污染问题突出，与人类对水资源的基本需求形成强烈的矛盾，某些原本水资源丰富的南方城市，也逐渐沦落为污染严重的缺水城市。目前，大多数城市的内城河水质呈现继续恶化的趋势，生活污水、生产废水、工业废水和船舶废油等不断排入河道，而水体本身的纳污和自净能力有限，将制约着河道生态功能的正常发挥。
（2）城市人口的增长、交通网络的扩展和商业项目的启动，大部分河道在城市建设的进程中被填埋，或者被改为暗沟，使得水系被分割，无法满足景观的水资源畅通要求。
（3）为了满足防洪、泄洪和排污的需求，河道往往被人工化和渠道化改造，虽然有利于航运、发电和灌溉等实际需求，但水系将和土地等生态环境分离，对河岸植物和水生生物产生极大的负面影响，破坏河流周边的生态环境，阻碍了地下水系循环、地表水系循环和河道的自净等功能的实现，使得水资源污染的程度加重。