一、竣工结算审计的具体程序是：
（一）先由施工单位编制竣工结算书（包括设计变更及增加项目）。
（二）将施工单位已编制完整的结算书交本项工程的监理工程师进行审查，由监理工程师写出审查意见，施工单位按审查后意见调整工程结算书，双方签章确认。
（三）由项目管理公司负责人对施工单位调整的结算书进行复核并予以签字确认。
（四）工程结算书及有关资料移交合同造价管理处，由合同造价管理处进行复核后报主管主任。
（五）经主管主任认同，由合同造价管理处送达已确定的中介机构进行全面审查，由中介机构将审查结果以书面形式写出审查意见及造价调整书。
（六）将审核后的竣工结算资料配合计划财务处上报省财政评审中心审计，以此审计后的工程结算作为最终工程结算，并依此作为与施工单位清算工程款的依据。
二、 审计工程结算必备的资料
（一）竣工图纸；
（二）编制完整的工程结算书；
（三）中标通知书复印件；
（四）施工合同（包括补充合同）复印件；
（五）完整的施工组织设计；
（六）设计变更（包括增减工程项目）；
（七）甲供材料设备出库单；
（八）经认质认价小组签认的主材价格表；
（九）单位工程竣工验收单
（十）招、投标文件（包括招标图纸及答疑文件）
三、审查时限
（一）500万元以下 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起20天；
（二）500万元－2000万元 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起30天；
（三）2000万元－5000万元 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起45天；
（四）5000万元以上 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起60天；
（五）建设项目竣工总结算在最后一个单项工程竣工结算审查确认后15天内汇总，送发包人后30天内审查完成。