工程承包合同条款本身存在法律欠缺
众所周知，建筑工程承包合同，是规范投资人和承包人在项目施工过程中各种施工行为的重要法律文书，也是工程结算的唯一具有法律效力的规范性文件，合同对投资方和承包方具有同等的法律约束力。但是，有于受市场环境和施工企业本身在建筑市场上所处的弱势地位的影响，导致一些施工企业在费尽周折承揽到工程后，为了尽快的进场施工，在前期工程项目合同的洽谈和签定阶段，不是耐下心来完善合同内容，而是采取掩耳自欺的做法，一味满足建设单位提出的一系列不合理要求，无原则的修改标准合同文本，有的施工企业更是抱着边干边协商的幻想，和建设单位拉关系，套近呼，熟不知一些心怀叵测的发包方，正是利用了施工单位在心理上存在的弱势，在这一拉一近呼的过程中，实现了弱化合同对投资方约束的目的，以所谓的工程认定书或减化工程承包合同对投资方约束内容的方式，达到逃避合同对投资方的约束力的目的，从项目合同签定开始，就为以后的结算，埋下了扯皮的影子。
如江苏苏中某集团公司，在承接北方某物流中心的建设项目时，建设单位在工程发包前，先是采取工程认定书的方式，诱施工企业打入甲方指定帐户的所谓质量保证金400万元，施工企业就范后，甲方先是以拖延开工时间的办法长期占用这笔保证金，而后逼迫企业修改标准合同文本，进而在施工过程中，又恶意更换施工单位，结果施工企业在工程结算过程中屡受刁难，形成大小若干个连带官司。为了维权，企业不得不诉诸法律，但在法院受理调查时，企业才发现当初由于疏忽，合同标准文本多处被改动，法律效力被严重削弱，造成巨大损失。
层层转包和肢解工程，使分包合同的法律约束力降低
层层转包和肢解工程的问题，一直是困绕建筑市场健康发展的的顽疾，转包和肢解工程的结果，直接导致工程项目管理难度的加大，特别在层层转包过程中，由于总承包企业的每一次向下转包都是以提取相应比例的管理费为前题的，而下一级承包单位多数为资质相对较低或没有资质的项目班子，因而在分包合同的洽谈和签定过程中，降低约束标准是难免的，这样就出现了每转包一次，转包合同的法定约束力就会被人为的降低一次的怪圈，结果出现承包合同被改的面目全非的情况的出现，施工过程中各分包方因工期、质量和进度扯皮，项目竣工后各分包方又为结算成本扯皮。这种恶性循环的结果是工程进度慢，质量不高，各施工单位的效益均受影响。
作者曾调查过内蒙古的一个热电厂项目，该项目为投资方自筹资金上马的热电项目。为了弥补资金不足的矛盾，建设单位向施工单位提出了很高的垫资条件，总承包单位拿下项目定单后，为了转嫁垫资风险，继而采取了层层转包的办法来归避垫资风险，这个项目先后被转包四次，涉及施工企业十多家，且这些施工单位来自全国各地，隶属于不同经济成分的公司或集团，由于转包过程中施工单位多是抱着走着吃总比坐着吃好的想法去组织施工的，因而在管理班子，技术骨干的配备上都明显不足，施工过程中矛盾重重，协调困难，扯皮现象时有发生，各种工程量的变更报告，隐蔽工程验收报告，设备按装等环节的管理上都存在问题，由于各分包施工单位在项目施工中都投入了大量的垫资，工程竣工后结算工作困难重重，加之转包合同一改再改，各分包和转包单位从项目开工起就发生矛盾，结算难度之大是可以想象的。
超极限无节制垫资的恶果
不可否认，尽管目前我国建筑市场每年的开发量都有大幅度提高，但僧多粥少的矛盾是一直存在的，正是看准了这一点，许多开发资金不足的房地产开发企业都是采取筹一笔钱，圈一块地，继而通过要求施工企业半垫资或全垫资的方式来开发项目的。以此达到所谓的借鸡生蛋，借施工单位的资金盖房发财的目的。苏北一家施工企业饥不择食，以垫资百分之七十的不平等方式，一次承包了某市开发公司发包的商品房36栋，该项目建筑面积3.8万平方米，工程造价高达2.3亿元，合同工期一年。为了保证质量和进度，一年来，施工单位动用各种关系和手段，先后采取赊建筑材料，求爷爷告奶奶向银行贷款等办法实际垫资达百分之八十，项目封顶后，开发单位还是无钱付工程款，经反复协商，施工企业只好忍气吞声的等开发公司通过收取卖房款的方式来归还工程款，漫长的结算难对这家公司来说才刚刚开始，可是眼下这家施工单位必需面对的是每天债主围门，职工长期拖欠工资，高昂的银行利息等十分严峻的现实。更有甚者，一家只有二级资质的施工企业以全垫资方式承揽了一个无资金开发公司的综合超市开发项目，该项目2003年开工后，就因缺乏资金开开停停，直到2007年还没有竣工，一个不足3000万元的项目，先后干了四年多，施工单位为加快进度，先后垫资达1500万元，结果是项目上不去，企业被拖垮，大量垫资资金和工程款无法回收，不理智的经营使一个好端端的企业一夜之间陷入面临破产的困境。
甲方恶意拖欠呈愈演愈烈之势
甲方恶意拖欠工程款也是施工单位必需面对的另一个结算难问题。据调查，目前建筑市场上甲方恶意拖欠工程款的方式很多，主要表现为，一是采取各种办法诱惑或逼迫施工单位大量垫资，工程竣工后拒不结算；二是工程施工过程中采取变更施工方案等办法加大工程决算难度；三是工程竣工后以种种借口，不和施工单位对决算，一拖再拖，长期不和施工单位结算工程款；四是施工过程中甲方为了达到少付工程款的目的，采取中途恶意更换施工队伍的办法，百般刁难施工企业等，上述问题有些是由来以久，有些是建设单位新出现的恶意拖欠方式，应该引起施工单位的高度重视。如作者曾专门调查过河南省一个开发区的项目，这是一个21层高的综合楼项目，在一年零八个月的施工周期中，不知因为何故？建设单位强行中途更换施工单位达3次，每更换一次施工单位，就发生一次结算扯皮问题，新施工单位进来一支被套一支，甲、乙、丙多方在已完工程量的确认上矛盾重重，情绪对立，结算起来困难重重，极大伤害了各方感情。一些施工单位负责决算的人员普遍反映，随着建筑市场环境的变化，近年，建设单位恶意拖欠工程款的问题越来越突出。
项目前期报批手续不完备，导致项目停工或夭折
项目前期报批手续不完备，导致项目停工或夭折的问题近年有上升之势。近年来，由于全国经济进入高速发展期，基本建设速度也在加快，一些地方政府为了发展经济，从招商引资的角度出发体现政绩，造声势，扩影响，在各种土地批报，前期准备工作不完备的情况下，盲目铺摊子，上项目，使承建这些项目的施工单位因工程下马或夭折而承受着巨大的施工风险。如北京某物流中心项目，2007年3月就举行了隆重的开工典礼，当时各大媒体都做了跟踪报道，为此多家施工单位和建设单位签定了造价3亿元到2.4亿元不同标段的工程认定书，并交付了200万元到600万元不等的巨额工程保证金，但实际情况是，该项目除了一个规格很高的开工典礼外，到2007年底连征地的手续都没有完成，更不要说开工建设了，更为奇怪的是，经施工单位事后调查，就连这个开工典礼的埋桩地段当时都没有征地手续，这种忽悠社会和施工企业的做法确实让当事人哭笑不得，眼下浙江和江苏及北京当地的几家建筑企业天天提心吊胆的向建设单位追要工程保证金，同时又对项目能否真正开工存在幻想，其矛盾心理是显而易见的。
甲方善意拖欠的情况也不可忽视建设单位善意拖欠施工单位的工程款，是工程结算过程中的常见问题。所谓善意拖欠，是指项目竣工后，由于建设单位资金不足或因其它不可抗拒因素，无法按期偿付施工单位的工程款。这种善意是指建设单位在规定时间内和施工单位办理完了各种结算手续，因为一时困难确实无法付出相应的工程款项。出现这种情况多为偶发因素造成的，建设单位本身不存在有意拖欠的企图。如河南某市的一个开发项目，本来建设资金是充足的，因为调整投资方向，借给新合作伙伴的资金一时收不回来，导致无法按时偿付施工单位的工程款，而且这笔款子一拖就是两年，搞的施工单位既不好和建设单位闹翻，更不好通过法律手段来解决，经济上受到很大拖累。
建设单位善意拖欠工程款问题虽然甲方没有主观故意，但给施工单位造成的经济损失同样是不可低估的。
阴阳合同本身存在的法律障碍
为了达到各自目的，建设单位和施工单位串通一气，采取签定阴阳合同的方式获取工程的问题一直是建筑市场上屡禁不止的顽症之一。说穿了，所谓阴阳合同，就是建设单位为了绕过《建筑法》或《招标投标法》等国家法令，将一些不合理甚至是非法要求通过另一种见不得阳光的契约形式强加给施工企业的一种违法行为，也是一些施工单位在明知自己的法定利益被侵害的背景下，出于某种目的或动机和建设单位私下达成的一种妥协行为，熟不知这种合同从一签定开始，就把企业的既得利益置于法律的保护之外，使施工单位和建设单位之间形成了更加弱势的不对等关系。由于所谓的阴合同是不受法律保护的，一旦建设单位和施工单位在项目实施过程中发生纠纷，吃亏的肯定是施工单位。2007年9月，上海某开发商和施工单位签定了一份合同额高达1.3亿元的商品房开发合同，其中，阳合同规定取费下浮百分之七，不垫资，与此同时，为了确保获得这份工程，施工单位又在背地私下和开发商签定了另一份阴合同，阴合同约定不紧取费要下浮百分之十六，而且工程开工后施工单位要把项目做到地上六层以后建设单位才付第一笔工程款。由于工程量过大，施工单位无能力筹集足够的资金将项目施工到阴合同约定的楼层，因而建设单位以种种借口逼迫施工单位自动离场，放弃施工，队伍离场后，施工单位多次找建设单位催要工程款，每次甲方都以施工单位违约为由，将之拒之门外，当施工单位准备诉诸法律解决时，连律师都为这份阴合同把施工单位所置的位置感到头疼。事实证明，所有以阴阳合同形式出现承揽工程项目的行为，都是扰乱建筑市场的行为。正是这些所谓阴合同里出现的施工单位自原放弃法律本应保护其利益的行为，最终结果都是施工单位的利益受到的伤害的行为，正是在建筑市场上处于相对弱势的施工单位的无度纵容下，才助长了建设单位敢于一而再再而三的采取瞒天过海的方式，达到追求其所谓开发利益最大化的目的。
不注意各种签证的把握
纵观整个项目，从施工到工程竣工，除了做好相应的技术、质量和安全管理外，高质量的签证，也是保证工程竣工后顺利结算的重要环节。概括起来，签证的类型大至有以下几种：不具备开工条件签证、开工延期签证、工期延误签证、工程变更签证、合同价款调整签证、工程质量确认签证、工程师口头指令签证、追加合同价款签证、甲供材料不合格签证、直接指定分包人延误工期签证、竣工验收签证、竣工结算签证、未经验收移交签证、索赔签证等等。上述签证复盖了项目施工的全过程，是工程项目实施过程不同阶段的法定确认。在日常工程施工管理中，签证是最一般，最常见的基础工作，而我们不少施工企业或是疏于管理，或是不够重视，在项目实施的日常管理中往往忽视对签证工作的管理，造成项目竣工后，因各种签证手续缺失，影响结算速度和结算时间，同时影响结算质量。特别是当在工程结算中和建设单位发生争执时，由于不能及时拿出有力的签证手续和证据，造成延误索赔时机，利益受损。因各种签证不及时，不准确造成结算被动或结算被拖延的问题在施工企业中也是一个多发、长见的问题。