防范和控制施工合同风险，主要是在施工合同形成、谈判与正式签定合同和合同履行过程中进行。
一、企业参与投标取得合同阶段的风险防范和控制
投标前期要加强对工程项目合法性的审查及合同项目发包方的了解核查。投标前要尽可能地深入了解业主的资金信用、经营作风和签订合同应当具备的相应条件。了解的主要内容应包括有关设计的施工图是否具备，是否有主管部门的立项批准文件，土地、规划、建设许可手续是否合法齐全，应拆迁是否已到位，三通一平工作是否已到位等。从多方面调查了解业主资信情况，特别是在该工程之前发生的工程的资金到位率情况及本工程具备的资金到位率。如果是房地产开发单位项目、企业单独投资项目或其他非专门的建设投资工程项目，最好应充分了解其以往工程招标和签订合同的情况。在投标过程中，对招标文件要深入研究和全面分析，正确理解招标文件，具体地逐条地确定合同内容，把握业主的意图和要求，全面分析投标人须知，详细勘察施工现场，实地了解情况，仔细研究审查图纸，认真复核工程量，并与项目经理部认真确定各个子项的单价和各项技术措施费用并制定投标策略，以减少合同签订后的风险。
有的业主会在未发中标通知书之前，提出条件苛刻的非示范文本合同草案，要求施工企业无条件全部接受，其合同条款往往把相当一部分风险转嫁给施工单位，缺乏对业主的权利限制性条款和对承包商的保护性条款。由于此时施工企业所处地位相对被动，因此要尽可能地调查了解各方面的信息，要敢于坚持原则，充分运用政策法规并据理力争，对合同要尽可能地进行修改完善，以规避风险。
二、合同谈判及签署阶段的风险防范和控制
在取得合同谈判资格后，应把主要精力转入到合同谈判签约阶段。其主要工作是对合同文本进行审查，结合工程实际情况进行合同风险分析，并采取相应对策以及最终签订有利的工程承包合同。
施工合同谈判前，承包人应明确专门的合同管理机构负责施工合同的审阅，并要求企业法律顾问和专业合同律师参与合同审阅，根据发包人提出的要求，逐条进行研究，实施监督、管理、控制。
在进行合同实质内容审查时，对有关的条款内容应予以足够重视。要注意避免合同工期约定的风险，如开工时间约定以开工报告之日起算，合同约定按日计算逾期竣工违约金的，最好有封顶条款；对工期保证金的处罚约定要合理，避免逾期数日全额扣罚；要注意质量标准及竣工验收条款的风险防范；要注意工程款支付及结算条款的风险防范，约定结算款的支付要尽量明确具体时间，保修金条款应明确约定比例和支付时间。同时要注意对通用条款的研究，把握通用条款与专用条款的关系，化解通用条款对施工方不利的规定，运用通用条款的规定维护自己的合法权益。
在合同实质性谈判阶段，谈判策略和技巧是极为重要的，应选择有合同谈判能力和有经验的人为主进行合同谈判。大中型建设合同一般都由业主负责起草，业主聘请有经验的法律专家和工程咨询顾问起草合同，使合同质量很高，其中隐含了大量的不利于承包商的风险责任条款和业主的反索赔条款。这就要求承包方必须具备既懂工程技术又懂法律，既懂经营管理又懂造价、财务的综合素质谈判人员，才能保证在合同谈判中处于一种智力均衡、信息对称的状态，增加谈判的力量，提高风险识别和防范能力，通过合同谈判，使合同能体现双方的责权利关系平衡，尽量避免业主单方面苛刻的约束条件，并相应提出对业主的约束条件。虽然合同法赋予合同双方平等的法律地位和权利，但在实际的经济活动中，绝对的平等是不存在的。权利还要靠自己去争取，如有可能，应争取合同文本的拟稿权。对业主提出的合同文本，应对每个条款都作具体的商讨，切不可把自己置于被动接受的地位。
合同一经签订，即成为合同双方的最高准则，在合同的签订和实施过程中，不要轻易相信任何口头承诺和保证，少说多定是一个必须养成和遵守的工作习惯。合同中是一字千金，而非一诺千金。双方商讨的结果，做出的决定，或对方的承诺，只有写入合同，或双方签署文字意见才算确定。合同的签订需要字斟句酌，只有把每一项经济活动可能存在的风险降到最低，才能获得最大的收益。
三、合同履行阶段的风险防范和控制
合同履行过程中的风险往往被承包方轻视或忽视，其实合同履行过程的风险防范和控制最为重要，尤其是施工过程中的签证等书面资料对施工企业的合同风险防范和控制更为重要。如对于一些涉及到工程工期、工程量、竣工结算、工程索赔的签证资料，施工企业应当特别重视。发包人与承包方在施工中发生的书面资料主要有以下几种：
（1）会议纪要。双方就设计图纸、工期、工程量等方面会谈形成的纪要，可视为对合同有关内容的一种补充，但只有经过双方签字认可的会议纪要才能作为直接证据使用。
（2）工程检验验收记录。工程检验、验收记录能在一定程度上反映出工期、工程量的变化，对确认和保护施工方的权益是十分重要的。
（3）往来函件。这些文件往往可以证明相关情况发生变化的时间、原因等，还可以说明双方就一些问题的交流信息，可以评价双方当事人对合同履行中的一些问题的观点和意见。
（4）工程联系单。对于施工中实际发生的情况或者变化，施工方应及时通过联系单与发包人确认，这对于确认和维护施工方的权益也是十分重要的。
例如有些施工企业认为，工程量追加了是事实，就算没有签证，业主也要付款。其实不然，《建设工程施工合同》示范文本通用条款31.2条规定：承包人在双方确定（工程）变更后14天内不向工程师提出变更工程价款报告时，视为该项变更不涉及合同价款的变更。因此，即使业主确认了工程量追加，但如果施工企业不及时提出变更工程款的报告，最后很可能导致该工程款得不到认可，使施工方的权益受损。
施工企业将工程竣工后，应在合同约定的期限内及时提交竣工报告与竣工结算资料，如果可能最好通过邮寄送达至发包人，如果直接派人送达一定要发包人签下接收记录。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第20条规定：当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。所以承包人在竣工后应主动提交竣工报告与结算资料，这样有利于工程完工款的及时支付以及整个工程款的结算，提高回款率和资金利用率。
施工企业还可以根据实际情况，针对工程应收款设立专门的催收管理部门，对于每个工程的款项应当及时进行跟踪与催收。一旦发现某个工程的款项未按合同约定比例支付或者结算，应马上交付应收帐款催收部门进行催收，必要时可以启动司法程序，以确保工程资金及时回笼。
综上所述，在市场经济条件下，承包人要增强市场意识、法律意识、合同意识、管理意识、经济效益意识，更关键的是要增强合同风险意识并学会科学的防范和控制方法。只有这样才能最大限度地维护自己的合法权益，以提高经济效益，避免和减少经济损失。