工程项目审计就是施工企业内部对其所属工程项目实施的、以促进工程项目部改善和加强内部管理，帮助项目代表人更好地履行经营受托责任，提高项目的盈利能力为目的的一种全面的效益审计形式，按其目的可将其划归为经济效益审计类。工程项目审计是企业经济活动的再监督，是内部控制机制的一个重要组成部分。
笔者认为，对于大型施工企业来说，工程项目审计应当实行两级审计机构，合理分工分层次审计。一般的项目由公司级审计部门承担，特大型跨年度、工期长的工程项目，考虑到其内部参与面广，配合施工较多及工程审计力量等诸多因素则应由上一级审计部门实施为宜。
如何有效进行工程项目审计，首先要解决的是确立审计项目，然后组织实施。审计工作的目的既是要对工程项目和企业的会计报表，资产、负债及所有者权益整体状况的真实性和合理性进行审计，又要突出工程项目和企业的内部控制的重点；既要审查工程收入、支出、盈亏的真实性，又要使审计的实施过程能深入项目的各业绩环节，注重对经营管理业绩和经济效益的审查，进而提出改进项目管理的建议和措施。
实施工程项目审计时应注意两方面的工作：
1、审计项目的选择。大型施工企业常年施工项目有近百个，就企业目前的审计力量而言，加大了审计风险和审计工作的难度。要对其进行逐一审计是不可能的，也没有必要，因此如何通过对有限工程项目的审计来最大限度地发挥项目审计的作用，这对审计项目审计对象 的选择提出了要求，在选择工程项目时可把握两个基本原则：
第一、普遍性原则，要分析影响总体经济效益的基本因素，从具有普遍性和共同性的问题着手确定审计项目的范围。这可以从年度财务决算对工程成本明细表的审查分析中发现和寻找线索，抓住那些对总体经济效益影响较大的工程项目，再结合实际具体确定，比如：工程进度控制、质量控制、费用控制矛盾较突出的项目；由于设计变更从而预算变更较大的项目，或通过其他的调查方式，寻找和发现线索。
第二、重要性原则，大型施工企业由于总公司内部各工程公司之间经济实力的差别，施工能力的差异等多种因素的存在，致使同等造价的工程项目在不同的公司中具有不同的地位和意义，因此上一级审计部门在确立项目时要充分考虑工程项目对公司的重要程度。如：某总公司附属子公司某一顶管工程合同造价近3000万元，这对大型工程总公司而言只能算是个中小项目，但对该子公司来说，由于其从以安装工程为主改制为工程施工公司，该工程项目为该公司改制以后承接的第一个大型土建工程，其意义不言而喻，针对这种特殊情况，某总公司审计部门要求其附属子公司要将此项目列入年度审计计划并组织实施，充分体现了重要性原则。
2、工程项目审计程序
工程项目审计实施过程就是实现项目审计目的的过程。这一过程具有一般审计项目共有的实施程序：即下达审计通知书，制定审计方案，组织实施审计，编写审计报告，交换审计意见等。严格按审计工作规范程序实施审计是控制审计质量和降低审计风险的必要保证，因此，工程项目审计实施时要充分考虑审计目的对方案的要求，在实施过程中有效地运用规范的审计程序去完成审计任务。
进行工程项目审计，要实现预期的审计目的，起到促进项目部加强管理、提高效益的作用，取得较好的审计成效，经过近几年的项目审计实践，笔者认为：
1、从亏损项目审计入手，是开展工程项目审计的有效途径。一般地讲，由于工程项目的亏损、成本控制不严、费用开支过大、管理不善等问题较容易被暴露出来，也容易引起领导和职工的关注，从亏损项目着手进行审计能够使审计贴近企业经济生活的热点。开展工程项目审计应以真实性为基础，以检查内部控制为切入点，通过对被审计单位最容易出错的环节进行审计，能较好地抓住亏损的主要原因，对己发生的事实能够进行符合实际的客观评价；同时对症下药提出的审计意见，有较强针对性及较强的现实意义，能够产生较好的审计效应，增强企业各管理层对审计工作的认识和加强管理、争创效益的意识。
2、工程项目审计要以成本费用为重要审计内容。在工程结算收入较为确定的情况下，项目经理部若控制住了工程成本，就是抓住了项目管理的核心。对于工程项目审计也是如此，工程项目的审查重点在于对工程项目施工组织，人、材、物的供应，机具的配置等等进行分析，抓住影响效益的关键因素。
在成本费用审计时，一是要重点加强对分包工程的审计监督，就目前施工企业的现状来看，分包工程大量存在，而且有的项目分包工程所占比重较大，若监督不力，效益很容易从此流失。二是要加强对项目合同的审计，着重审查合同的签订、修改、变更制度是否健全，是否按授权范围及工作程序进行。三是要加强对人工、材料、机械等结算价格的审查，评价其价格信息制度是否完善，能否及时掌握市场价格变动情况。
3、工程项目审计要深入到影响项目业绩的环节。目前的审计工作的重点放在内部控制制度上，主要采用符合性测试及实质性测试等方法检测企业及项目部的内部控制制度的完整性、合理性及有效性，但这种测试仅停留在企业内部控制的表面，没有深入到企业生产经营的业绩环节，忽略企业及项目部的经营风险。有一个好的项目，又有了一定的投入，并不一定就能产生好的效益。由于管理不善或资金使用不当，或施工组织不科学、机械设备及施工临时设施布局不合理，都可能影响这个项目效益的发挥。因此，工程项目审计就要查明被审项目的所耗和所得，并加以分析对比、评价其是否节约，是否有效利用人力、物力和财力，是否达到预定的目标和预期的效果，从中发现问题，提出提高经济效益的措施，促进项目部改善经营管理。
4、组织相关职能部门人员的联合审计组进行审计是工程项目审计的有效方式。目前内部审计人员结构、素质难以适应对工程项目的全面的审计，传统的财务收支审计只是项目审计的一部分，而对影响工程成本的施工组织方案、材料物资供应、施工机械的配置与调度、分包工程成本等重要因素的审计，没有相应的专业人员的参与很难达到一定的深度，使审计工作存在较大风险。有鉴于此，组织工程技术、经营计划、机务物资及审计部门本身等多部门具有适当的学历和工作经验的专业人员的联合审计组，是进行项目审计的内在需要，同时也是实施项目审计的有效方式。
5、进行项目审计要选择恰当的时机。项目审计的主要目的：是促进项目部加强各项管理，促进提高工程项目的盈利水平。管理制度的实施及其改进的效果只有在实际执行后才能体现，工程利润的形成只有通过组织施工，办理工程结算后才能实现，因此，施工过程的完结，结算就分包工程而言 工作的办理，标志着项目管理的完成和工程利润的定型。项目审计时机的选择就是要充分考虑时间因素对审计效率的影响，以使审计建议、管理建议等有采纳的时间，所以选择工程项目期中和竣工前进行审计则是较为恰当的时机。
6、工程项目审计风险的防范。工程项目的审计风险存在于工程项目收入的不确定性中。一般说来，施工的工程项目几乎不可能不修改设计方案，施工方案也随之修改，施工工程量也时有增加或减少，增加工程量的确认，业主经常要在工程竣工结算前办理概算调整，有时还要考虑多种因素才能最终确定，但施工单位实际费用已结算支付，工程价款收入的这种滞后性为工程项目审计留下了风险。
另外，近年来施工企业由于施工规模的扩展，工程量的增大，跨年度施工和分包工程也随之日益增多，由于资金等多种因素的影响，总承包方难以及时办理分包结算，这也为项目的实际支出的不确定性留下伏笔，审计人如不注意防范，工程项目审计的事中审计风险就较大。如某工程总公司某公司某一工程项目，前两年度会计报表一直反映是盈余，后经审计才发现大额的分包工程未结算完毕，分包工程量未作确认，而分包工程量已由监理签字验收，经审计调整后，最终出现了大额的亏损。如果忽视分包单位的工结算审计，就会出现审计结论与客观事实相违背的结果，必然会导致审计失败，其后果较为严重。
工程项目审计是施工企业内部审计实现从以财务收支审计为主，向经济效益审计为主转变的一种有效途径和方式，搞好工程项目审计是施工企业内部审计的一项基本功。当前建筑业全面推行项目法施工，对工程项目这种一次性的组织机构形式进行经济责任、成本、效益审计更显得十分必要和富有现实意义，工程项目审计在国有施工企业向现代企业制度迈进中，会对项目法施工的完善和发展起到极大的促进作用