所谓工程项目管理组织是指为了实现工程项目目标而进行的组织系统的设计、建立和运行，建成一个可以完成工程项目管理任务的组织机构，建立必要的规章制度，划分并明确岗位、层次、责任和权力，并通过一定岗位人员的规范化行为和信息流通，实现管理目标。
工程项目管理组织是在整个工程项目中从事各种管理工作的人员的组合。工程项目的业主、承包商、设计单位、材料设备供应单位都有自己的工程项目管理组织，这些组织之间存在各种联系，有各种管理工作、责任和任务的划分，形成工程项目总体的管理组织系统。这种组织系统和工程项目组织存在一致性，故一般情况下并不明确区分工程项目组织和工程项目管理组织，而将其视为同一个系统。
工程项目管理组织的设计程序：
1、确定工程项目管理目标；
2、确定工程项目管理模式，选择工程项目管理组织形式；
3、确定工程项目管理工作任务、责任权力；
4、详细分析工程项目管理组织所完成的管理工作，确定工程项目管理工作流程、操作程序、工作逻辑关系；
5、确定详细的各项工程项目职能管理工作任务，并将工作任务落实到人员和部门；
6、建立工程项目管理组织各个职能部门的管理行为规范和沟通准则，形成工程项目管理规范，作为工程项目管理组织内部的规章制度；
7、选择和任命工程项目管理人员；
8、在上述工作基础上设计工程项目管理信息系统。
工程项目管理组织的运行管理：
（1）成立项目经理部；
（2）确定项目经理的工作目标；
（3）明确和商定项目经理部门中的人员安排，宣布对项目经理部成员的授权，明确职权使用的限制和有关问题，制定工程项目管理工作任务分配表；
（4）项目经理积极参与解决工程项目管理的具体问题，建立并维持积极、有利的工作环境和工作作风；
（5）建立有效的沟通系统和成员之间的相互依赖和相互协作关系；
（6）维持相对稳定的工程项目管理组织机构；
（7）建立完整的工程项目管理人员的招聘、安置、报酬和福利、培训、提升、绩效评价计划与制定。