鉴于公共卫生项目的特点和项目实施中存在的问题，急需在公共卫生项目中改变项目建设实施方式。按照投融资体制改革的精神，加快推行项目代建制，促进项目的顺利实施。代建制，即通过招标等方式，选择专业化的项目管理单位负责建设实施，严格控制项目投资、质量和工期，竣工验收后移交给使用单位。代建制作为一种专业的社会服务，可以避免政府投资人或项目法人在筹组项目建设管理结构时面临的困难与风险，使工程项目的建设更有保证。目前我国的一些地方已陆续开展了代建制的试点工作，如北京市在回龙观医院和北京市疾病预防控制中心项目中实行了代建制，取得了较好的效果。笔者认为基于公共卫生项目的上述特点和在实施过程中出现的问题，下一步应率先在公共卫生项目中推行代建制。具体方案如下：
(一) 卫生项目推行代建制的方案设计。由于公共卫生项目单个投资小，不可能一个项目选定一个代建单位，必须把项目打包集中选择代建单位。当我们把公共卫生项目看作一个大项目时，每个省的项目可以看成是所有项目的一个标段，同样每个市县的项目也可以看成是省项目的一个标段，由于这个标段划分太小而达不到招标要求时，我们也可以把几个标段的项目整合成一个项目包，如把几个县或市的项目合并在一起，这样就会扩大项目的建设规模，达到招标要求，也有利于代建制的顺利实施。通过这几年对公共卫生项目的调研，笔者认为公共卫生项目实行代建制应按照上述方法，根据项目投资额的大小，在一个省选择两到三个市，把这些市的项目集中作为一个项目包，通过招标选择一个代建单位，由其负责选定项目的代建工作，当然也可以根据实际情况一个省选择一个代建单位。这项工作由省卫生行政主管部门负责组织实施。选定的代建单位，在省级卫生行政主管部门的监督下，可以再将这几个市的项目划分为合理的项目包统一进行施工和监理的招标工作，这样就避免了单个项目投资额小，达不到招标规模的问题，也避免了单个项目进行代建达不到规模效益的问题。项目代建单位作为代建法人对项目的建设、投资，工期、竣工验收负责，项目监管单位着重对项目代建单位进行监管。这样就可以避免项目建设管理过于分散的缺陷，促使项目顺利实施。代建企业应熟悉了解公共卫生项目的特点和特殊性，了解公共卫生项目的建设标准和有关管理制度，才能做好公共卫生项目的代建工作。
（二）应通过招标选定代建企业。对于代建企业的选择，目前在法律上虽然没有明确规定，但由于代建项目大部门是由政府投资建设，使用的是国有投资，因此笔者认为对代建企业的选择应该通过公开招标选定。代建单位确定后，由代建单位组织招标确定施工企业和进行材料采购。
（三）应签订代建协议。一些地方代建项目的实施没有签订代建协议，以致于在项目建设过程中出现问题，相互推诿，无人负责。公共卫生项目应由当地卫生行政主管部门与代建单位签订合同，对代建企业的职责、权限、以及取费标准方面等进行明确规定，同时也要明确代建单位应承担起建设单位项目法人的主体责任以及合同违约责任，确保代建企业与政府投资人或项目法人保持一致的目标利益。国家有关部门应研究制订代建协议的规范文本，规范代建协议的签订。
（四）应确定合理的代建管理费。目前按照财政部的规定，由政府招标产生的项目代建单位，代建管理费按照基建财务制度规定的建设单位管理费标准编制，实际发生的代建管理费计入项目建设成本。但卫生项目由于是打捆项目，没有列出统一的管理费用，分散在单个项目中，因此在确定代建单位后，应按照代建单位承担的总投资额，按照一定的比例计列代建管理费。招标时不能绝对以代建管理费报价的高低而选择中标单位，应选择项目管理能力强的代建单位中标。代建管理费要与代建单位的代建内容、代建绩效挂钩，实行奖惩制度。
（五）加快培养一批代建单位。目前由于我国刚刚开始推行代建制，有经验的代建单位不是很多，大部分由工程咨询单位、监理公司、施工单位转型而来，大都具有某一方面的长处，不完全具有项目综合管理的能力，因此应积极扶持，促使上述单位尽快成为合格的专业化的项目管理公司。
（六）适时出台有关管理制度。目前一些地方已经对公共卫生项目代建制进行了试点工作，取得了一定的成绩，但试点项目只是在单个医院建设项目中开展，还没有在打捆项目中进行。建议有关部门尽快在打捆卫生项目中开展代建制，摸索经验，在国家有关规定出台后，及时制订公共卫生项目推行代建制的有关管理办法。