1、坚持三个有利于，不断深化施工管理体制改革
三峡工程承包施工管理体制经历了由一期工程管理模式到二期工程管理模式的演化过程。二期工程管理模式较之一期工程管理模式权责范围有所扩大，这无疑有利于三峡建设承包公司按照项目管理的原则发挥项目管理职能。一期工程结束后，由于受企业历史和现实的诸多方面因素制约，公司上下普遍存在管理层次多、机构臃肿及计划经济大锅饭影响等问题。而隐藏在这些问题背后的深层次问题是：部分干部和职工市场观念淡薄，等靠要意识仍然比较浓厚；更为严重的是，施工生产单位成本责任未落实，企业潜亏挂帐数额大，负债累累。
为此，根据二期工程高强度、高质量、高效率混凝土施工的要求。明确提出了建立以合同管理为中心、以施工管理为重点、以提高经济效益为目的的管理体制及其运行机制的改革总体思路，提出了有利于工程施工，有利于队伍建设。有利于提高企业经济效益的项目管理指导思想和根本任务，并于1998年6～7月酝酿实施了二期工程施工管理体制改革方案。首先从机关改革着手，其具体做法是：
1.1更新观念，转换机制
通过向广大职工反复深入进行形势与任务教育，促进广大职工树立市场、竞争、效益观念，清除计划经济影响。以此为基础，改革机构设置与部门职能，按照建立市场经济体制、实现两个根本性转变的要求，转换项目管理经营机制。从机构上，撤消工管部、财务部、劳人部、调度部，设立市场合同部、工程技术部、施工管理部，打破了计划经济体制下惯常的机构框架。市场合同部集合同管理、计划管理、人财物管理、成本管理和结算管理于一体。有利于突出合同管理的中心地位，强化合同管理的控制功能，克服合同管理与资金管理、成本控制相脱离的弊端；以施工管理部取代调度部，赋予其在合同约束下对现场施工进度、技术、质量、安全、资源配置、成本控制等全方位的组织实施与协调管理职能．有利于形成现场施工管理与合同管理、成本管理协调一致的管理机制，解决现场施工调度长期存在的重进度、轻管理，重投入、轻核算的问题，改变管干的不管算、管算的不管干的局面，提高文明施工水平和企业经济效益；专设工程技术部，以适应二期工程技术新、设备新、材料新、工艺新的需要，加强对重大施工技术问题的超前研究和科研攻关，为建设一流工程和创造最佳效益提供有力的技术支持。实践证明，新的机构设置和职能界定，与我们预期的目标基本一致，新的管理体制及其运行机制已初步实现转换，并显示出强大的生机与活力。
1.2压缩机关，精干主体
指挥部机关将原来机关九部室缩编为六部室。剥离服务机构及转岗人员近500人，减幅达56%。机关改革完成后，我们又将机构改革推向二级单位，各二级单位根据自身承担任务情况闻风而动，积极实施机构改革，压缩非生产性人员，消退富余人员和可用可不用的民技工，在保证施工必需的前提，使用工总人数大幅度减少。1998年底的统计数字表明，指挥部及所属各施工单价下半年用工总人数为11992人，其中民技工为1150人，分别比上年间期减少23.5%和40.7%，比上半年减少14.36%和 6.7%；两级机关管理层和生产作业层人员养闲人、吃空额的情况也不同程度得到清理整顿；人工费和机关人员管理费明显降低。以公司机关为例，全年共支出管理费2899.37万元，其中下半年仅支出836.91万元，比上半年减少40.5%。通过改革凋整，精干了项目管理主体，促进了工作效率和劳动效率的提高。并在一定程度上缓解了资金紧张矛盾和成本压力，为项目管理和工程施工的顺利进行创造了有利条件。
1.3推行项目管理责任制。实施扁平式管理
三峡工程规模大、分项工程或单项工程多，施工管理和合同管理难度大。在精干主体的基础上。还必须进一步减化生产关系，减少管理层次，变金字塔式的管理为扁平式管理。为此，成立了二期厂坝项目部以及公共项目部、右岸项目部、CⅢ2标项目部、90项目部和79项目部等6个项目部。厂坝项目部与三峡建设承包公司一套班子、两块牌子。全面负责厂坝二期工程承包施工及对其它项目施工实行统一管理协调。公共项目部、右岸项目部和90项目部由建设承包公司机关和参与施工单位的有关管理与生产人员联合组成，分别负责古树岭人工骨料生产、茅坪溪防护大坝填筑及右岸地下电站进水口开挖、90拌和系统及5#顶带机、供料线的运行管理，实行建设承包公司与参与施工生产单位两级管理和施工生产单位级成本核算。CⅢ2标项自部由主承包施工单位清江施工局三峡建设承包公司独家组成．代表集团公司三峡建设承包公司独立履行合同。实行该公司一级管理、一级成本核算。79项目部内三峡建设承包公司机关有关管理人员和原一、二公司所辖79拌和系统、l#_4#塔带机及其供料线上的管理与生产人员组合而成。代表建设公司负责79拌和系统、l#_4#塔带机及其供料线的运行和生产经营管理。独立承担项目进度、质量、安全和盈亏责任。实行建设承包公一级管理、一级成本核算。