首先是工期的风险。大型工程投资规模大、建设周期长、技术复杂、受自然条件的影响大，如果业主方在采用固定总价合同时，将相关的风险都约定由施工单位承担，最终是难以达到合同目的的。例如，施工企业在施工中，发现自然条件恶劣，工程量要增加、施工材料也相应增加，最终导致工程的费用大幅增加，会产生较大亏损；那么，施工企业就会要求业主增加工程价款，如不能满足，往往会停工或怠工，拖延工期。有的甚至故意停止支付材料供应商的货款，与材料供应商联手阻挠工程施工；有的提起诉讼，要求解除承包合同，这些都会影响工程的按期完工。
其次是工程质量的风险。固定总价合同中，业主对施工企业的工期都有明确的要求，施工企业不能按期完工。一般都要承担相应的违约责任。如前所述，大型工程的技术复杂、受自然条件的影响大，施工企业既要克服各种技术难题、又要赶施工进度，业主如不能给予理解支持，一味督促施工进程，施工企业往往会顾此失彼，使工程质量难以得到有效保障。上述施工案例中，施工企业承建的是水利工程，临海作业，施工环境恶劣，时常遭大风浪的侵袭，水下作业面还有暗流河道，施工技术难度大、作业人员工作艰辛，如业主不能给予理解支持，很难保障工程质量。
第三是工程结算和交付的风险。由于固定总价，施工企业承担了较多的风险，几年辛苦，如果将工程完工后，不但没有利润，甚至还产生巨额亏损，这是施工企业难以接受的结果，所以会想方设法要求业主增加工程结算价款，否则工程不予交付，造成结算和交付困难。
建议：合同应均衡双方利益
正是因为固定总价合同对业主、施工企业都存在风险，为了公平地保护双方的合法权益，维护建筑市场的和谐稳定，国家及各地都相应出台了一系列的政策来防范风险的产生。
国家城乡建设部、国家质检总局于2008年7月9日联合发布的《建设工程工程量清单计价规范》第4.1.9条规定采用工程量清单计价的工程建设项目，应在招标文件或合同中明确风险内容及其范围(幅度)，不得采用无限风险、所有风险或类似语句规定风险内容及其范围(幅度)。第4.7.6条规定若施工期间市场价格变动超过一定幅度时，应按合同约定调整工程价款；合同没有约定或约定不明确的，应按省级或行业建设主管部门或其授权的工程造价管理机构的规定调整。
许多地方也针对固定总价合同的风险防范出台了一系列的规定，如：天津市建委要求工期超过12个月的建设项目一般应采用可调价格合同方式，工期在12个月以内的建设项目可采取固定价格合同。采用固定单价或固定总价合同方式的，发包人、承包人应当在合同中约定综合单价包含的风险范围和幅度，超出风险范围和幅度的综合单价调整方法应当在合同中约定。山东省建设厅于2008年9月也出台了《关于加强工程建设材料价格风险控制的意见》。另外，浙江省宁波市、四川省成都市等都对固定价格合同中的风险范围、风险范围之外的材料价格波动超过一定幅度如何调整进行了详细的要求。这些规定都体现了同样的政策目标，即兼顾业主、施工企业双方利益，维持双方利益的均衡。
因此，业主在采用固定总价合同时，必须注意合同内容的完备性，合同条件的合理性，特别是合同风险分配的合理性、合同范围的明确性，在维护自身利益的同时，充分考虑拖工企业的利益，保证双方利益的相对均衡、公平，特别是涉及公共利益的大型工程、重点工程，应把工程建成后所发挥的经济和社会效益放在首位，而不能把在工程上的投资节约放在首位，兼顾施工单位合理的经济利益，确保工程质量、进度，进而确保工程目标的实现和工程的整体效益。