在工程总承包业务中，无论是以勘察、设计为主体，还是以施工为主体的总承包，对分包的管理都是十分重要的。工程总承包的风险在很大程度上就体现在对分包的管理上，而分包合同的管理则成为分包管理的核心内容。总承包方与分包方发生纠纷后，通常也会影响到与业主的关系，使得纠纷的处理变得复杂。如果能够通过协商的方式解决纠纷，对各方都是较好的选择。因为诉讼和仲裁即便是委托专业的律师去处理，也是需要投入不少的精力去协助、关注、决策的。
1.协商过程中注意的事项
协商成功的前提是各方都能客观地认识到正在讨论的方案对自己来说是相对有利的，无论是从眼前利益来考虑，还是从长远利益来考虑，相对进入司法程序来说，协商是最好的结果。这需要各方对自己掌握的信息作出评估，进而设定让步的底线，并通过良好的谈判策略使最终的方案在可以接受的范围内被认可。
(1)利益平衡
总承包方与分包方在协商过程中比较好的一种状态是将分包的要求都能够通过业主来处理，从而转化风险。但这往往是一厢情愿的想法，除非双方在合同中有类似的约定，否则，分包方无论业主的态度如何，最终都是会要求总承包方承担其认为是合理的请求的。所以，总承包方在处理与分包方之间的纠纷时，首先应当准确定位，注意协调好与业主的关系和与其他分包商之间的关系，从整个项目的角度理性地去分析，并寻求利益平衡点。协商的过程，就是各方利益平衡的过程。
(2)分层次协商
利益平衡，换言之，就是利益让渡。以设计为主体的工程总承包方，在传统的设计业务中，纠纷很少，涉及的金额也不会很大。在工程总承包业务中，产生纠纷的金额相对较大，甚至处理不好还会导致整个项目亏损很多。大型设计单位面临这样的纠纷，决策层常常十分重视，领导亲自出面谈判，希望尽快解决。但建设工程纠纷的协商涉及的内容比较复杂、专业，很难立竿见影，领导一开始就出面协商，既耗费精力、影响项目管理团队的权威，效果也不理想。从谈判策略上考虑，利益让渡应当分步实施，相应的谈判工作也应分层次进行。
首先，以项目管理团队的人员为主进行协商，完成摸底、补证工作。项目组的人员对工程的具体情况比较熟悉，在协商的过程中，可以有意识地摸清对方的底线，并就已有的相关书面文件的不足通过谈判中形成的会议纪要等方式进行一些力所能及的补证工作。
其次，根据协商的进程，安排内部法务人员或外聘专业律师参与谈判，完成诉讼风险评估、备战工作。一种观点认为，律师参与谈判会直接破坏谈判的气氛，不利于纠纷的解决。其实不然，有经验的专业律师不仅不会加剧谈判的破裂，反而可以从谈判中准确把握各方的利益平衡点，分析利弊，根据自己的经验，设计出变通的、新的谈判方案，从而促成纠纷的解决。即使专业律师的参与，可能也没有最后解决问题，但至少可以对该等纠纷一旦进入司法程序的结果作出初步的风险评估，并逐步开展好诉讼或仲裁的准备工作。
最后，当整个工程总承包项目的信息及与分包方的合同纠纷的信息全面、准确地汇集到决策层时，一个最终的利益平衡方案将被制订。在总承包方决策层的最后意见不能被分包方接受的情况下，协商工作自然就宣告结束。
2.诉讼、仲裁中常见的问题
因工程总承包项目中与分包的合同纠纷所引起的诉讼或仲裁案件，涉及的法律问题争议大，相关事实的时间跨度长，文件庞杂，不同的利益主体多，是一项挑战性很强的系统工作。下面仅对司法实践中常见的两个问题作一分析。
(1)无证施工
尽管国家有关部门曾三令五申，明确要求应当申请领取施工许可证的建筑工程而未取得施工许可证的，一律不得开工，但实践中经常会出现业主为了赶工程进度，在尚未取得施工许可证的情况下就要求工程总承包方先行施工，边施工边办手续。总承包方也相应地要求施工分包方先行施工。总、分包发生纠纷，进入司法程序后，首先面临的问题就是开工日期如何认定。目前，司法实践中对开工日期的认定一般以施工方接到发包方通知后的实际开工日期为准，理由是虽然无证施工属于违规行为，但施工方既然按发包方指令实际施工，说明其已接受这种状态，应计算工期。而因施工许可证延迟取得对正常施工的影响，可能作为顺延工期的因素予以考虑。
上述理由尽管比较牵强，仍然是实践中的操作原则，总包方除了正确对待这一原则外，对指导工程项目管理的实践更有意义的是：如果业主在未取得施工许可证的情况下要求施工，总包方拒绝业主要求或者分包方拒绝总包方要求的行为都属于正当行为，甚至无证施工一段时间后，在施工许可证没有取得之前，施工方以未取得施工许可证为由的停工行为亦属正当行为。
(2)承包范围的确定
大型设计单位从事工程总承包，通常将总承包合同中的施工任务分包给土建、安装、钢结构施工单位。在分包过程中，准确划定各分包方的承包范围至关重要。承包范围的确定，也是司法实践中争议较大的一个问题，可以从下列几个方面去判断。
首先，双方认可的工程量清单无疑是确定承包范围的直接依据，但工程量清单通常并不能完整地说明承包范围。
其次，施工图也能够说明施工方的承包范围，但在工程总承包实践中，施工分包合同签订时常常还没有完整的施工图，这就导致分包方可能在诉讼或仲裁中从对己方有利的角度考虑而不予认可签约后制作的施工图是自己的承包范围。
第三，如果双方在分包合同中对各分包方的具体施工界面进行了详细的约定，这份约定将是确定各分包方承包范围的重要依据。
最后，在工程施工过程中形成的相关文件也能印证分包方的承包范围，成为有力的佐证。
总之，工程总承包模式下复杂的总包与分包之间的合同纠纷，在诉讼或仲裁中没有绝对的赢家，由于涉案的法律事实存在诸多的不确定性、相关的法律法规也尚有亟待完善的地方，任何涉案的一方都需要有足够的心理准备，以良好的心态沉着应对。