一、发生工程分包合同纠纷怎么处理
1、总承包企业或专业施工企业与不具备相应资质的企业签定的劳务分包合同。
这样的合同，根据《最高人民法院若干审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第1条和《合同法》等规定被认定为无效合同。合同无效后的处理：如果劳务分包企业提供劳务的工程合格，劳务分包企业依据《解《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件的适用法律问题的解释》第2条的规定，请求劳务费的应当得到法律支持。如果仅仅因劳务分包企业提供的劳务质量不合格引起的工程不合格，劳务分包企业请求劳务分包合同约定的劳务价款的，将得不到法律支持，并且，还应承担相应的损失。
2、总承包企业或专业承包企业与劳务分包企业以劳务分包合同的名义签订的实质上的工程分包合同。
这种合同将依据合同的实际内容及建设施工中的客观事实，及双方结算的具体情况，来认定双方合同关系的本质。其中有的可能会被认定为工程分包合同，那么就要按照工程分包合同的权利义务，来重新确认双方的权利义务。
3、工程分包企业以劳务分包合同的名义与劳务分包企业签订的实质上的工程再分包合同。
这种合同将被认定为无效。工程分包企业因此种行为取得的利润将被法院依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件的适用法律问题的解释》第4条的规定收缴，或者由建筑行政管理机关作出同样的收缴处罚。
二、工程分包合同纠纷产生的原因
1、因资质问题而产生的纠纷：根据《建筑法》和建设部《建筑企业资质管理规定》等关于建筑施工企业从业资格的规定，从事建筑活动的建筑施工企业应具备相应的资质，在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。禁止建筑施工企业超越本企业的资质等级许可的业务范围承揽工程。禁止施工企业向无质资或不具备相应质资的企业分包工程。
2、因履约范围不清而产生的纠纷：在施工实践中，总包单位与分包商之间因履约范围不清而发生纠纷的现象屡见不鲜。造成履约范围不清的主要原因是分包合同条款内容不规范、不具体。因此，在订立分包合同时，应严格按照《分包合同示范文本》的条款进行订立。
3、因转包而产生的纠纷：转包是指承包单位承包建设工程，不履行合同约定的责任和义务，将其承包的全部建设工程转给他人或将其承包的全部建设工程肢解后以分包的名义分别转给其他单位承包的行为。建设工程转包被法律所禁止。
三、建设工程分包合同纠纷管辖
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条第二款明确了建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，并不包含建设工程分包合同纠纷案件。故建设工程分包合同纠纷案件应当由被告住所地或者合同履行地法院管辖。