企业是一个由各个系统组成的一个整体，因此，企业必须实施全面预算。所谓全面一方面是指预算管理贯穿公司业务活动的全部过程，是以公司的发展战略、中长期规划及年度经营计划为基础的预算管理；另一方面是指全面预算管理需要公司上下所有员工的共同参与，而不仅仅是财务人员的事，只有这样预算的编制才能符合企业的业务活动要求，预算也只有通过全体员工的参与才能实现其指导经营活动的意义。但企业在实施全面预算管理过程中，由于对预算管理理解的片面性以及缺乏处理实务的经验，致使在全面预算管理的实施中存在不少的问题和盲区。
一是为预算而预算
企业和企业的主管部门均认识到了全面预算管理的有效作用，并把是否实施全面预算管理作为衡量企业管理水平高低的一个标准，但对预算到底应是什么样子，如何安排和实施预算，尚缺乏深刻的理解。实际上，企业实施预算管理是提高企业整体管理水平的重要手段，而不是衡量管理水平高低的标准，预算管理的核心在于对企业未来的行动进行事先安排和计划，对企业内部各部门、单位的各种资源进行分配、考核和控制，以使企业按照既定目标行事，从而有效实现企业发展战略。所以，企业不能只将预算管理作为管理制度的组成部分去填补制度空白，而应将预算管理作为实施企业发展战略的具体手段，重点不在于企业有无预算管理制度，而重在预算管理是否有效实施和落实。
二是认为编制预算属纯财务部门的事
很多人都认为预算是财务行为，应由财务部门负责预算的制定和控制，甚至把预算理解为是财务部门控制资金支出的计划和措施。随着管理的计划性加强，全面预算逐渐受到管理层的重视，全面预算是集业务预算、投资预算、资金预算、利润预算、工资性支出预算以及管理费用预算等于一体的综合性预算体系，预算内容涉及业务、资金、财务、信息、人力资源、管理等众多方面。尽管各种预算最终可以表现为财务预算，但预算的基础是各种业务、投资、资金、人力资源、科研开发以及管理，这些内容并非财务部门所能确定和左右。财务部门在预算编制中的作用主要是从财务角度为各部门、各业务预算提供关于预算编制的原则和方法，而非代替具体的部门去编制预算。
三是片面追求预算编制的准确度
预算是企业对未来行为的一种计划安排，在预算确定中体现为一系列的具体指标，这些指标尽管考虑了不确定因素对未来的影响，并进行了合理的估计，但实际执行结果与预计指标仍存在差异，甚至差异很大。管理层总是希望预计值与实际执行结果尽可能接近，最好是能吻合，能够不偏不倚地落实既定方针。但执行的结果往往是，要么远远超过预算指标，要么大大低于指标，很少有企业能够使预算指标同实际执行结果接近或吻合。因为环境的不确定性，我们对未来一年的结果都考虑定夺的非常准确是不现实的，年度的全面预算方案更多是指导性的，企业的具体实施要靠以日保周、以周保月、以月保季、以季保年，企业整体响应内外部环境的变化。制订年度全面预算的作用在于，在制订方案的过程中，各单位/部门的负责人对企业和部门的状况预先分析与评估，如机会、风险、长处、弱点、客户群、产品特性、竞争优势、产品价格等。对一些不确定的重大问题，拟定了方案，资源的取得也预先做了准备，提升了日后经营管理的效率。
四是预算能否批准主要取决于管理层对预算结果的满意度
预算草案上报后，预算的审批就成为关键。预算审批是企业实施预算管理的核心内容，大多数人认为这是一个讨价还价的争论过程。大多数企业的管理层在审批预算草案时，多以预算结果满意度作为是否批准该预算的主要依据，只要预算结果在管理层可接受的满意程度之内，预算就会被批准。这实际上是形式主义在预算管理中的表现，不符合预算管理的本质要求，满意度的高低无法衡量，带有很大的主观成分，也容易产生腐败。为了使预算能真正起到细化战略管理的作用，预算的审批应注重预算草案的编制假设或编制依据是否与企业发展战略一致，预算编制的内容是否完整，预算指标的计算方法或确定原则是否与企业预算制度规定的原则和方法吻合。也就是说，预算审批应注重预算编制内容、编制过程和方法的合理性，而不能只注重预算结果。
五是管理部门的预算考核只注重费用节约额
大多数人认为对管理费用实施预算管理主要目的就是能通过预算控制费用，以使费用支出不超过预算。在这种指导思想下，很多企业都规定了管理费用超支或节约奖惩办法。但导致的结果是，有些管理部门为了节约费用，得到相应的奖励，削减了一些必要的活动。从而产生了减少工作，多得奖励，消极怠工的矛盾现象，这与实施管理费用预算控制的目的相违背。正确的做法是：制定和审批管理费用预算时，宜采用零基预算的做法，根据实施有利于企业管理战略的管理活动，分项制定和审查其费用预算的合理性；进行预算考核时，应首先看其中管理活动是否按质完成，只有在百分之百完成各项管理活动情况下节约费用才可获得适当的奖励。