1、审核竣工结算编制依据
编制依据主要包括：工程竣工报告、竣工图及竣工验收单；工程施工合同或施工协议书；施工图预算或招标投标工程的合同标价；设计交底及图纸会审记录资料；设计变更通知单及现场施工变更记录；经建设单位签证认可的施工技术组织措施；预算外各种施工签证或施工记录；合同中规定的定额，材料预算价格，构件、成品价格；国家或地区新颁发的有关规定。审计时要审核编制依据是否符合国家有关规定，资料是否齐全，手续是否完备，对遗留问题处理是否合规。
2、审核工程量
(1)工程量是决定工程造价的主要因素，核定施工工程量是工程竣工结算审计的关键。审计的方法可以根据施工单位编制的竣工结算中的工程量计算表，对照图纸尺寸进行计算来审核，也可以依据图纸重新编制工程量计算表进行审计。一是要重点审核投资比例较大的分项工程，如基础工程、混凝土钢筋混凝土工程、钢结构等。二是要重点审核容易混淆或出漏洞的项目。如土石方分部中的基础土方，清单计价中按基础详图的界面面积乘以对应长度计算，不考虑放坡、工作面。三是要重点审核容易重复列项的项目。四是重点审核容易重复计算的项目。对于无图纸的项目要深入现场核实，必要时可采用现场丈量实测的方法。
(2)审核材料用量及价差。材料用量审核，主要是审核钢材、水泥等主要材料的消耗数量是否准确，列入直接费的材料是否符合预算价格。材料代用和变更是否有签证，材料总价是否符合价差的规定，数量、实际价格、差价计算是否准确，并应在审核工程项目材料用量的基础上，依据预算定额统一基价的取费价格，对照材料耗用时的实际市场价格，审核退补价差金额的真实性。
(3)审查隐蔽验收记录。验收的主要内容是否符合设计及质量要求，其中设计要求中包含了工程造价的成份达到或符合设计要求，也就达到或符合设计要求的造价。因此，作好隐蔽工程验收记录是进行工程结算的前提。目前，在很多建设项目中隐蔽工程没有验收记录，到竣工结算时，施工企业才找有关人员后补记录，然后列入结算。有的甚至没有发生也列入结算，这种事后补办的隐蔽工程验收记录，不仅存在严重质量隐患，而且使工程造价提高，并且存在严重徇私舞弊腐败现象，因此，在审查隐蔽工程的价款时，一定要严格审查验收记录手续的完整性、合法性。验收记录上除了监理工程师及有关人员确认外，还要加盖建设单位公章并注明记录日期，防止事后补办记录或虚假记录的发生，为竣工结算减少纠纷扫平道路，有效地控制工程造价。审查设计变更签证。设计变更应由原设计单位出具设计变更通知单和修改图纸，设计、校审人员签字并加盖公章，并经建设单位、监理工程师审查同意。重大的设计变更应经原审批部门审批，否则不应列入结算。在审查设计变更时，除了有完整的变更手续外，还要注意工程量的计算，对计算有误的工程量进行调整，对不符合变更手续要求的不能列入结算。
(4)审查工程定额的套用。主要审查工程所套用定额是否与工程应执行的定额标准相符，工程预算所列各分项工程预算定额与设计文件是否相符，工程名称、规格。计算单位是否一致。正确把握预算定额套用，避免高套、错套和提高工程项目定额直接费等问题。
(5)审核工程类别。对施工单位的资质和工程类别进行审核，是保证工程取费合理的前提，确定工程类别，应按照国家规定的规范认真核对。
(6)审查各项费用的计取。建筑安装工程取费标准，应按合同要求或项目建设期间与计价定额配套使用的建安工程费用定额及有关规定。在审查时，应审查各项费率、价格指数或换算系数是否正确，价差调整计算是否符合要求，并在核实费用计算程序时要注意以下几点：①各项费用计取基数，如安装工程间接费等是以人工费为基数，这个人工费是定额人工费与人工合调整部分之和。②取费标准的确定与地区分类工程类别是否相符。③取费定额是否与采用的预算定额相配套。④按规定有些签证应放在独立费用中，是否放在定额直接出中取的费计算。⑤有无不该计取的费用。⑥结算中是否按照国家和地方有关调整结算文件规定计取费用。⑦费用计列是否有漏项。⑧材料正负差调整是否全面、准确。⑨施工企业资质等级取费项目有无挂靠高套现象。⑩有无随意调整人工费单价。
(7)审查附属工程。在审核竣工结算时，对列入建安主体的水、电、暖与室外配套的附属工程，应分别审核，防止施工费用的混淆、重复计算。
(8)防止各种计算误差。工程竣工结等是一项非常细致的工作，由于结算的子项目多，工作量大，内容繁杂，不可避免地存在着这样或那样的计算误差，但很多误差都是多算。因此，必须对结算中的每一项进行认真核算，做到计等横平竖直。防止因计算误差导致工程价款多计或少计。搞好竣工结算审查工作，控制工程造价，不仅需要审查人员具有较高的业务素质和丰富的审查经验，还需要具有良好的职业道德和较高思想觉悟，同时也需要建设单位、监理工程师及施工单位等方面人员的积极配合。出据的资料要真实可靠，只有这样，才能使工程竣工结算工作得以顺利进行，减少双方纠纷；才能全面真实地反映建设项目合理的工程造价，维护建设单位和施工单位各自的经济利益，使目前我国的建筑市场更加规范有序地运行。
3、审核施工企业资质
严格审核施工企业的资质，对挂靠、无资质等级及无取费证书的施工企业，应降低综合单价或审计确定综合单价及造价。
4、审核工程合同
工程合同审计是投资审计的一项重要内容，必须仔细查阅相关文件资料是否齐全、合法合规。
当双方对合同文件有异议时，国内合同按国内合同文件顺序解释，国际工程，按照FIDIC合同文件顺序解释，特别是按FIDIC条款订合同，索赔费用应重点审计。