一、工程鉴定机构不公平怎么办
首先如果怀疑司法鉴定机构做假鉴定，要有合法依据和理由。委托人一般是法院等，法院审查理由准许了可以做重新鉴定。
如果鉴定机构有违反《全国人大常委会关于司法鉴定管理问题的决定》中的规定行为的课给予警告、责令改正的行政处罚，如果有严重违法情形的则可以给予在一定期限内停止从业、撤销登记的处罚。
如果有《司法鉴定机构登记管理办法》中规定违规情形的由省级司法行政机关予以警告并责令改正。在民事法律责任方面如果司法鉴定机构在开展司法鉴定活动中银违反相关法律和过错行为应承担民事责任的，鉴定机构承担相应的民事法律责任。违反刑法的，构成犯罪的鉴定机构的相关人员应承担刑事责任。
总而言之，拿出《决定》或《办法》中规定的那些违法违规的情况的证据才能追究刑事民事行政责任。如果单纯的认为鉴定结果不可信，只能有合法依据和理由来申请重新鉴定。当然如果只是怀疑，没有实际证据则不会对实际情况产生影响。
二、工程造价司法鉴定的法律依据有哪些
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条规定:当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
该规定表明：双方当事人对计价方法或计价标准有约定的，按照约定审价；如没有约定，双方又协商不成的，则按照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准审价。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定:当事人就同一建设工程另行订立建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。该规定表明，经过招标投标，如果双方当事人违背招标、投标文件的规定，签订背离合同实质性内容的其他合同，工程造价司法鉴定应以备案的按招标、投标文件签订的合同作为审价的依据。