转包工程现象屡见不鲜，有将全部建设工程转给他人完成的，也有将全部工程肢解后以分包的名义分别转给他人承包。然而，转包行为会扰乱建筑业市场的正常运转，同时也为建设工程的质量埋下隐忧，故现行法律对于非法转包行为是禁止的，这也导致在转包合同被认定无效后，如何就工程款进行结算便是一个关键问题。
(一)发包人与承包人之间的工程款结算
在以往一些司法实践中，有认为无效的转包合同不应影响双方签订的建设工程合同的效力，因此双方仍应按照合同的约定进行工程款结算。但是，这种处理等于变相认可了承包人随意转包工程、破坏建筑市场秩序的行为，似有不妥。
考虑到承包人非法转包工程违反了法律的强制性规定，且其事实上在合同签订后并没有任何实际的履约行为，其行为是违法行为同时也是违约行为，承包人要求发包人按合同约定计算工程价款缺乏事实和法律依据。承包人有权要求发包人支付其所支出的成本，而对于合同约定的工程价款中包含的管理费和利润等则属于非法利益，可以根据《建设工程施工合同司法解释》第4条的规定予以收缴。实践中，裁判机构也有根据案件的具体情况作出不同的处理，按照实际施工人的资质等级据实结算工程款，但其裁判宗旨仍应符合任何人不得从其违法行为中获利的原则。
(二)承包人与转承包人之间的工程款结算
《建设工程施工合同司法解释》第26条规定：实际施工人以转包人(承包人)为被告起诉的，人民法院应当依法受理。转承包人作为工程的实际施工人，与承包人均是转包合同的签订主体，根据合同相对性原则，转承包人可以直接向承包人追讨工程款。由于转包合同无效，根据合同无效的处理原则，双方应各自返还财产。
因建设工程的特殊性，若客观上严格适用返还财产的规定，必将使工程丧失其效用价值，也进一步扩大了双方的经济损失。因此，参照《建设工程施工合同司法解释》第2条的规定，建设工程经竣工验收合格，转承包人可以参照无效的转包合同的约定主张工程价款，这种处理既符合双方当事人的真实意思表示，也有利于保护当当事人的基本利益。
(三)发包人与转承包人之间的工程款结算
转承包人由于与发包人没有合同关系，在承包人拖欠其工程款时，其无法向发包人主张权利。承包人一旦出现资信状况恶化、破产、法人主体资格消灭等情形时，即有可能无法追回工程款。从保护实际施工人的利益和实现公平正义角度出发，《建设工程施工合同司法解释》第26条规定：实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人为本案当事人，发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。实际施工人的权利有了更多的救济途径。
但上述规定并不等同于发包人负有直接向实际施工人支付工程款的义务。一方面，发包人和实际施工人并不存在直接的合同关系，另一方面，发包人在发包过程并无过错，要求发包人对承包人的违法行为买单不公平，也违背了其真实意思表示。
实践中，也存在发包人与承包人恶意串通，以较低的价格签订合同，以此阻却转承包人根据上述规定追讨欠付工程款。在此情况下，转承包人确有证据证明双方存在恶意串通的事实，可行使其撤销权，撤销该合同，保证工程款债权的实现。