一、建设工程款结算纠纷的一般规则
1、当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
2、当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。
3、当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
4、当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，不予支持。
二、工程款结算纠纷有哪些形式
(1)工程量纷争
工程量纷争一般与工程合同生效后的工程量增加有直接关系，但是这一类工程量增加未能做出及时的数据记录。并且也有很大可能是其未能与三方参建单位进行联系沟通，如隐蔽工程的工程量很容易被忽视，如果记录、处理、交流不及时，很肯能让发包商提出质疑。
(2)竣工决算时间的争议
建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，经发包方审核达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程竣工。竣工在实际执行过程中的情况比建设工程承包合同的竣工要复杂得多。承包方往往认为合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整个工程没有竣工为理由，而拒收承包方的决算报告，发包方就以决算不成熟为由拒付工程款。
(3)合同违约的争议
无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。
三、工程价款的结算方式
1、按月定期结算。按月定期结算是指每月由施工企业提出已完成工程月报表，连同工程价款结算账单，经建设单位签证，交建设银行办理工程价款结算的方法。
2、分段结算。分段结算是指以单项（或单位）工程为对象，按施正形象进度将其划分为不同施工阶段，按阶段进行工程价款结算。分阶段结算的一般方法是根据工程的性质和特点，将其施工过程划分为若干施工进度阶段，以审定的施工图预算为基础，测算每个阶段的预支款数额。
3、在施工开始时，办理第一阶段的预支款，在该阶段完成后，计算其工程价款，经建设单位签证，交建设银行审查并办理阶段结算，同时办理下一阶段的预支款。