协商
按照法律和商业惯例，一旦出现商业纠纷，双方应首先在自愿、平等的基础上进行友好协商，寻求解决的可能性。双方既有商业联系，对纠纷产生的原因应是心中有数，如果双方从合作的愿望出发并持客观公正的态度，通过坦诚、细致的磋商，纠纷是不难解决的。
调解
经过协商不能达成协议时，双方可申请业务主管部门(如工程造价管理协会等)出面进行调解。业务主管部门是依法负有对日常商业活动的指导、管理、监督之责，他们比较熟悉本行业的业务，比较全面的掌握情况，由其出面调解，既容易做纠纷双方的思想工作，又能正确运用法规，提出合理和中肯的解决方案。
此外，主管部门还可以运用法律和制度允许的方式，给纠纷双方以必要的帮助、照顾和支持。
如果协商一致，纠纷双方也可以共同委托所信赖的第三者(个人或团体)出面调解。由第三者进行调解，有较高的灵活性、中立性、专业性和权威性，比较超脱和公正，不致因某种利害关系而偏袒一方或损害另一方的利益，调解专家充分听取双方的意见，耐心细致说服双方，以自己专业和人格上的感召力促使双方互相让步而达成和解。
仲裁
如果纠纷双方不愿通过协商和调解，或者协商、调解不成时，就只能在仲裁和诉讼两种方式中作一选择。仲裁作为解决商业纠纷的重要方式，具有与法院诉讼同等的法律地位和强制执行效力。目前，更多的商家宁愿选择仲裁而不愿到法院诉讼，这是因为：
第一，仲裁机构比法院更独立、公正。如工程造价仲裁委员会，它不隶属于任何行政、党务机构，在审理案件中，能完全排除外界的干扰，做到依法、独立、公正。此外，审理案件的仲裁员大多是在国内、外有相当影响力的法律、经贸、科技方面的知名专家。专家审理案件，更专业，更公正。
第二，仲裁程序更简便，审理期限更短，效率更高。仲裁实行一裁终局制度，其本身没有上诉或再审程序，仲裁过的纠纷不能再到法院申诉，仲裁一经裁决即具有法律约束力和强制执行力。
第三，商家在仲裁程序中有更大的自主权。仲裁程序完全体现商家的意思，仲裁机构、仲裁员、仲裁地点、仲裁语言、甚至仲裁所依据的程序规则和适用的法律，均由商家自主选择。
第四，仲裁实行一审终局，没有上诉，因而仲裁费用更低。此外，仲裁实行不公开审理，第三人不可旁听案件审理，媒体也不得报道仲裁程序及裁决，因此，仲裁更能保守商业秘密。
诉讼
诉讼是解决商业纠纷最严厉的手段，同时也是最终的手段，在万不得已之下才予以采用。目前投诉立案难，程序烦琐、耗时漫长，诉讼费、律师费高，不可预测的因素(如法官素质、行政干预、地方保护等)多、风险大。