【法律依据】
根据《建筑法》第二十九条规定：建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位；但是，除总承包合同中约定的分包外，必须经建设单位认可。当总承包人要求发包人同意其分包时，发包人往往要求总承包人同意由其直接与分包人结算，并约定以分包工程价款的一定比例向总承包人支付总包管理费。
《建设工程质量管理条例》第二十七条规定：总承包单位依法将建设工程分包给其他单位的，分包单位应当按照分包合同的约定对其分包工程的质量向总承包单位负责，总承包单位与分包单位对分包工程的质量承担连带责任。因此，总承包单位收取总包管理费后，当专业工程项目出现质量、进度、安全等问题，总包人与分包人应共同向发包人承担连带责任。
【处理办法】
一、严格适用合同法关于无效合同的处理原则
建设工程合同作为我国《合同法》中十五种有名合同之一，必须严格遵守《合同法》总则的规定。《合同法》第五十八条规定：合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
1、对于已经收取的管理费。建设工程合同被确认无效后，合同自始无效，双方基于该合同取得的财产，应当予以返还。即违法分包人、非法转包人基于无效合同已经收取的管理费，应当返还实际施工人。
2、对于尚未收取的管理费。合同被确认无效后，合同中尚未履行的义务无需再履行。即违法分包人、非法转包人基于无效合同尚未收取的管理费，实际施工人无需再缴纳。
二、根据公平原则对管理费进行区分
我国《民法通则》第四条规定：民事活动应当遵循自愿、公平、等价有偿、诚实信用的原则。我国《合同法》第五条规定：当事人应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。
1、对于已经收取的管理费
如前所述，建设工程合同无效后，违法分包人、非法转包人基于无效合同已经收取的管理费，应当返还实际施工人。但是，如果违法分包人、非法转包人实际履行了管理义务，则根据公平原则，实际施工人应当支付违法分包人、非法转包人与其实际履行管理义务对应的劳务费用，具体数额可由人民法院根据案件实际情况酌定。
扣除上述劳务费用后，剩余的违法分包人、非法转包人已经收取的管理费应当返还实际施工人。这样既符合无效合同的处理原则，又避免了实际施工人因无效合同而超过有效合同能够获得的利益，体现了公平公正的法律原则。对与违法分包人、非法转包人实际履行管理义务对应的劳务费用，应当如何处理？将在下文中论述。
2、对于尚未收取的管理费
如前所述，建设工程合同无效后，实际施工人尚未支付的管理费无需再缴纳，也就不存在对管理费进行区分的问题。
三、属于违法所得部分的管理费的处理方法
《解释》第四条规定：承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同的行为无效。人民法院可以根据民法通则第一百三十四条规定，收缴当事人已经取得的非法所得。